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248 thoughts on “R/Bioconductor

  1. 博主你好,现在在学习您的教程,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!

  2. Please give me the password “bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”, thanks to ur kindness help!

  3. 欧老师,您好,我一直在参考您参与著作的“R语言与Bioconductor生物信息学应用”,现在一直有一个问题没有解决:多个探针组对应一个基因时,我可以通过什么函数或者package解决取多个探针组表达值均值的问题。书中提供的方案是下载其它研究机构合并好的CDF、probe文档(链接已经失效),但我无法通过此途径解决。只能希求您的帮助。谢谢。

    1. 合并好的CDF文件其实并不是研究的主流。你还是使用正常的CDF文件,做完以后,依照探针组的类别(http://www.affymetrix.com/support/help/faqs/mouse_430/faq_8.jsp)进行筛选比较合适。

  4. 博主你好,现在在学习您的教程,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!

  5. 也求博主分享全自动处理基因芯片的密码!在此表示万分感谢!个人觉得应该对自己的水平提高有所帮助!

  6. 老师您好,我是一名刚刚毕业的临床研究生,我叫王冶,最近我按照limma说明书做差异分析遇到一个问题,当我输入命令fit2<-ebays(fit1)后,弹出警告Zero sample variances detected, have been offset away from zero。随后继续输入toptable依然会得出差异基因。我不明白是哪里出了问题。请老师帮我解释为什么会有警告和警告的意思。

    1. 这只是告诉你至少有一个gene它的表达值在所有的样品中没有任何变化,这个gene会在计算中被忽略.

  7. 也求博主分享全自动处理基因芯片的密码!正在做基因芯片分析,十分感谢

  8. 博主你好,现在也是正在学习您的教程,收获颇多,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!

  9. 老师您好,在您的文章中收获良多,希望有空的时候能一份给全自动处理基因芯片的密码,谢谢您

  10. 博主您好,请问“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”文章的密码是?另外对于Bioinformatics初学者,分析基因表达microarray和RNA-Seq数据,有没有R实用性书籍推荐呢?大部分时间精力集中在试验台上,需要用到R做一些分析的时候感觉无从下手。。。当然您的博客很有帮助

    1. 已发送,请查收。

      感谢您的鼓励。您客气了。在中文书籍中,我还真是很保留自己的意见。真的想学的话,最好的办法就是自己有活要做,然后在我的博客中找到相应的文章中提的软件包,去读这些软件包的说明文档。这是我个人的学习经验,不一定适合每一个人,但是我以为是最好的办法了。

  11. 博主你好,现在在学习您的教程,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!

  12. 正在学习怎么处理微阵列数据。看到老师的教程,请老师分享全自动处理基因芯片的密码!万分感谢

  13. R语言与Bioconductor生物信息学应用这本书中有些函数被弃用了,不知道到哪里去找代替的函数,例如计算每个模板对Hsapiens$chr22匹配的个数时用的函数countIndex()就显示Error in countIndex(vindex) : could not find function “countIndex”,想请问如何解决

  14. 博主您好!正在按您的博文学习,希望您分享 bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序 密码,非常感谢!!

  15. 谢谢欧老师分享的精彩课程,让我受益匪浅。我基本没有计算机基础,买了一堆书,看了两本,算是初步了解的R的运行。但是到了bioconductor的应用时,还是一头雾水。学习一门计算机语言还真是困难啊。我看到了自动获取CEL文件的文章,需要密码,肯定欧老师百忙之中,发送一份给我,不胜感激。

  16. 老师你好,我想问一下关于bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序,这个的密码,麻烦你可以给我看看,想学习学习,十分感谢您。

  17. 老师您好!bioconductor全自动处理那一篇的密码能告诉我嘛?谢谢您!!我还想请问下pd.huex.1.0.st.v2 和pd.huex.1.0.st.v1的区别是什么?我用oligo包的时候发现不能下载pd.huex.1.0.st.v1,我可以用pd.huex.1.0.st.v2 来代替么?万分感谢!!

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