R基础
R进阶
- R中的pipelining(chaining)概念
- magrittr – Ceci n’est pas un pipe.
- R数据分析当中的化整为零(Split-Apply-Combine)策略
- 关于R当中的tapply
- 关于R当中的mapply
- 在R中为for loop, apply loop增加进度条(progress bar)
- R调用C程序
- R当中调用C
- R调用c++的hello world程序
- 将R包中的vignettes的Rnw文件转换成PDF文件
- 编辑中文的Rnw文件
- 在rmd文件中自动改变图片的长度或者宽度
- 从Rnw到Rmd, 改写vignette
- substitute() in S4
- mac OS下R安装universal版本的package
- R面向对象编程(Object-oriented programming(OOP))
- 如何创建一个R扩展包
- R扩展包的写作规范
- R/Bioconductor开发中import和depend的区别
- 使用RStudio结合devtools开发bioconductor扩展包
- 使用bioconductor的BiocStyle书写package vignettes
- 使用RStudio维护bioconductor软件包
- 使用travis-ci来测试R/Bioconductor包
- 为R/Bioconductor开发调整RStudio
- 如何使用bioconductor docker来debug程序中的错误
- 多版本R并存
- 每天更新R原码 svn R source
- 如何获取R中代码的运行效率
- 如何让R自动保存历史记录(auto save R history before crash)
- 使用R图形化显示不同组数据之间的相互关系 Graphically analyzing variable interactions in R
- 如何在R中使用超几何分布计算p-value
- Bioconductor并行(parallel)运算
- R为什么认为它们不相等
- R的内存管理
- 变更Rcpp的compiler
Bioconductor应用
- Bioconductor简介
- Bioconductor软件包下载统计
- bioconductor基础IRanges/GenomicRanges
- 基因芯片
- Bioconductor基础ExpressionSet介绍
- 如何为affymetrix exon array chip创建一个R下的annotation package
- 在bioconductor中生成PrimeView Human Gene Expression Array的annotation database
- 使用xps和oligo分析Affymetrix Exon/Gene ST Arrays
- 使用xps分析affymetrix genechip
- bioconductor系列教程之一分析基因芯片上
- bioconductor系列教程之一分析基因芯片中(质量控制)
- bioconductor系列教程之一分析基因芯片下(数据分析)
- bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序
- bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程(上)
- bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程中(质量控制)
- bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程下(综合应用)
- bioconductor系列教程之三–Affymetrix 外显子(exon)分析综合
- 使用bioconductor分析及处理Affymetrix SNP芯片
- 使用pd.genomewidesnp.6为GenomeWideSNP_6做注释
- 使用Bioconductor下载GEO(Gene Expression Omnibus)上的数据
- MeSH分析
- NGS
- 注释
- 使用R进行Gene Ontology(GO)富集分析过程中如何导出某一特定GO词条下所有的基因
- GO/KEGG富集分析enrichment analysis
- 如何使用R将DAVID功能分析中的function annotation cluster结果2D图合并显示
- 关于代谢途径(metabolic pathway)数据库
- 使用Bioconductor画染色体示意图ideograms
- 使用pathview图形化显示KEGG富集结果
- R当中的circos——OmicCircos
- 从org.Xx.eg.db包中提取基因起止位置
- 如何使用bioconductor做liftover
- 使用TranscriptDb获取所有的exons以及introns
- 使用R按照指定宽度计算覆盖率(calculate coverage by bins)
- 如何得到exon numbering
- 关于GenomicRanges::GRanges的几点
- RLElist to GRanges
- cbioportal的CGDS-R库使用介绍
故障与技巧
- 在R中遇到Warning: unable to access index for repository
- 使用Rcpp库在R下书写c++程序遭遇”memory not mapped”错误
- R安装遇到的两个小问题
- 安装Rgraphviz遇到的怪异问题(已解决)
- R 小技巧收集
- bioconductor troubleshoot 收集(不定期更新)
- R CMD check package遇到Error: cannot add bindings to a locked environment错误
- 升级完R后如何快速安装所有安装过的包
- 如何在Mac OS X下打开多个R GUI
- R中如何读取大数据
- 使用biocLite从原文件安装
- 使用R从网页中提取表格
- 使用Rcurl提交表单
- 升级Bioconductor至2.13
- 在R3.3中安装Bioconductor最新安装包
- 使用Excel对于生物信息学的潜在错误
- median center normalization
- 如何获取venn diagram中的基因列表
- IUPAC strings to pcm
- 如何使用R保存base64图像至文件
- error when install Rhtslib
博主你好,现在在学习您的教程,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!
已发送,请查收。
博主你好,现在在学习您的教程,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!
已发送,请查收。
Please give me the password “bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”, thanks to ur kindness help!
已发送,请查收。
欧老师,您好,我一直在参考您参与著作的“R语言与Bioconductor生物信息学应用”,现在一直有一个问题没有解决:多个探针组对应一个基因时,我可以通过什么函数或者package解决取多个探针组表达值均值的问题。书中提供的方案是下载其它研究机构合并好的CDF、probe文档(链接已经失效),但我无法通过此途径解决。只能希求您的帮助。谢谢。
合并好的CDF文件其实并不是研究的主流。你还是使用正常的CDF文件,做完以后,依照探针组的类别(http://www.affymetrix.com/support/help/faqs/mouse_430/faq_8.jsp)进行筛选比较合适。
博主你好,现在在学习您的教程,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!
已发送,请查收。
你好,我也在学习芯片处理,也想要全自动处理基因芯片的密码,谢谢!
已发送,请查收。
也求博主分享全自动处理基因芯片的密码!在此表示万分感谢!个人觉得应该对自己的水平提高有所帮助!
已发送,请查收。
老师您好,我是一名刚刚毕业的临床研究生,我叫王冶,最近我按照limma说明书做差异分析遇到一个问题,当我输入命令fit2<-ebays(fit1)后,弹出警告Zero sample variances detected, have been offset away from zero。随后继续输入toptable依然会得出差异基因。我不明白是哪里出了问题。请老师帮我解释为什么会有警告和警告的意思。
这只是告诉你至少有一个gene它的表达值在所有的样品中没有任何变化,这个gene会在计算中被忽略.
也求博主分享全自动处理基因芯片的密码!正在做基因芯片分析,十分感谢
已发送,请查收。
博主你好,现在也是正在学习您的教程,收获颇多,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!
已发送,请查收。
老师您好,在您的文章中收获良多,希望有空的时候能一份给全自动处理基因芯片的密码,谢谢您
已发送,请查收。
博主您好,请问“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”文章的密码是?另外对于Bioinformatics初学者,分析基因表达microarray和RNA-Seq数据,有没有R实用性书籍推荐呢?大部分时间精力集中在试验台上,需要用到R做一些分析的时候感觉无从下手。。。当然您的博客很有帮助
已发送,请查收。
感谢您的鼓励。您客气了。在中文书籍中,我还真是很保留自己的意见。真的想学的话,最好的办法就是自己有活要做,然后在我的博客中找到相应的文章中提的软件包,去读这些软件包的说明文档。这是我个人的学习经验,不一定适合每一个人,但是我以为是最好的办法了。
博主你好,现在在学习您的教程,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!
已发送,请查收。
正在学习怎么处理微阵列数据。看到老师的教程,请老师分享全自动处理基因芯片的密码!万分感谢
已发送,请查收
收到了,谢谢老师
R语言与Bioconductor生物信息学应用这本书中有些函数被弃用了,不知道到哪里去找代替的函数,例如计算每个模板对Hsapiens$chr22匹配的个数时用的函数countIndex()就显示Error in countIndex(vindex) : could not find function “countIndex”,想请问如何解决
可以参见countPattern。
博主您好!正在按您的博文学习,希望您分享 bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序 密码,非常感谢!!
已发送,请查收。
欧老师您好,我想求一下自动处理芯片文章的密码,谢谢您辛苦的努力!
已发送,请查收。
谢谢欧老师分享的精彩课程,让我受益匪浅。我基本没有计算机基础,买了一堆书,看了两本,算是初步了解的R的运行。但是到了bioconductor的应用时,还是一头雾水。学习一门计算机语言还真是困难啊。我看到了自动获取CEL文件的文章,需要密码,肯定欧老师百忙之中,发送一份给我,不胜感激。
已发送,请查收。
老师你好,我想问一下关于bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序,这个的密码,麻烦你可以给我看看,想学习学习,十分感谢您。
已发送,请查收。
发送到我的邮箱了?老师,我咋没收到啊?可以麻烦再发一次么?
已发送,请查收。
老师您好!bioconductor全自动处理那一篇的密码能告诉我嘛?谢谢您!!我还想请问下pd.huex.1.0.st.v2 和pd.huex.1.0.st.v1的区别是什么?我用oligo包的时候发现不能下载pd.huex.1.0.st.v1,我可以用pd.huex.1.0.st.v2 来代替么?万分感谢!!
好久不作了。我也不十分清楚。搜了一下,https://www.biostars.org/p/320598/