使用travis-ci来测试R/Bioconductor包

travis-ci.com是一个非常流行的软件测试网站。它会自动检测你在github上软件包的变动而进行编译测试,你可以在readme文档中加入测试结果是否passing的图像,非常方便。但是,也可能会出很多bug,因为它会涉汲多方面的环境,测试出错不一定是自己的软件包出现了问题。

第一步,在travis-ci.com上使用你的github帐号注册一个用户。

第二步,在github中选择你希望[……]

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如何使用bioconductor docker来debug程序中的错误

在package的维护过程中,我们常常遇到的一个困难就是无法重复bioconductor build系统中的错误。有些时候我们想方设法把系统做得和bioconductor build系统做得一致,但是过了几个月,因为疏于维护,或者每日更新过于麻烦,有些时候就无法重复bioconductor build中的错误了。

在这个时候,我们可以利用bioconductor docker来对自己的pac[……]

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Rsamtools基础知识问答

变更Rcpp的compiler

有时候我们在安装c++的R包时需要使用g++。但是有时候系统自带的g++版本太低,你自己安装一其它的高版本的gcc库,可是R安装时不认。这个时候,需要在你的user目录下建立一个新的文件,按照下面的操作来改变R安装包时使用的默认g++编译器。

mkdir ~/.R
cat <<EOT >> Makevars
CFLAGS +=             -O3[......]

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