题记：Bioc2019在上周结束了。纽约回来之后，感觉收获很多很杂，于是打算一步一步温习一遍会上学到的东西。
使用docker来实现学习环境
第一步，安装docker。
第二步，pull seandavi/bioc_2019。这个docker中包含了所有的依赖环境，以及rstudio server。
docker pull seandavi/bioc_2019
第三步，在本地新建一个文件夹，比[……]
标签：生物信息学
各类生物软件应用心得
构建miso annotation
step1. 安装软件rnaseqlib.
pip install –upgrade pip
pip install git+https://github.com/yarden/rnaseqlib.git
pip install gffutils
step2. 从UCSC下载ensGene.txt, knownGene.txt, refGene.txt到一个目录中，比如http:[……]
error when install Rhtslib
error 1:
cram/cram_io.c:57:19: fatal error: bzlib.h: No such file or directory
#include
^
compilation terminated.
Answer:
This is because the compiler can not find the[……]
RNA-seq差异表达分析工作流程-2
参考文献：
1. Pertea M, Pertea GM, Antonescu CM, Chang TC, Mendell JT & Salzberg SL. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads Nature Biotechnology 2015, doi:10.1038/[……]
再论热图 (heatmap)
Rsamtools基础知识问答
变更Rcpp的compiler
有时候我们在安装c++的R包时需要使用g++。但是有时候系统自带的g++版本太低，你自己安装一其它的高版本的gcc库，可是R安装时不认。这个时候，需要在你的user目录下建立一个新的文件，按照下面的操作来改变R安装包时使用的默认g++编译器。
mkdir ~/.R cat <<EOT >> Makevars CFLAGS += -O3[......]
IUPAC strings to pcm
在R3.3中安装Bioconductor最新安装包
如果你是一名开发人员，你会发现，当你使用R3.3时，bioconductor不能使用biocLite自动更新了，它会显示不支持R3.3。
这是因为通过source(“http:bioconductor.org/biocLite.R”)安装的BiocInstaller不是最新版本的缘故。
所以通过安装最新的BiocInstaller就可以解决问题了。
tmp[......]<p class="read-more"><a href="http://qiubio.com/archives/4093">继续阅读</a></p> |