travis-ci.com是一个非常流行的软件测试网站。它会自动检测你在github上软件包的变动而进行编译测试,你可以在readme文档中加入测试结果是否passing的图像,非常方便。但是,也可能会出很多bug,因为它会涉汲多方面的环境,测试出错不一定是自己的软件包出现了问题。
第一步,在travis-ci.com上使用你的github帐号注册一个用户。
第二步,在github中选择你希望[……]
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软件与网络应用
travis-ci.com是一个非常流行的软件测试网站。它会自动检测你在github上软件包的变动而进行编译测试,你可以在readme文档中加入测试结果是否passing的图像,非常方便。但是,也可能会出很多bug,因为它会涉汲多方面的环境,测试出错不一定是自己的软件包出现了问题。
第一步,在travis-ci.com上使用你的github帐号注册一个用户。
第二步,在github中选择你希望[……]
When I install R-devel version in macOS Mojave, I always got
Capabilities skipped: cairo
I tried to install the cairo and pango by brew
brew install cairo pango
But it does not work at all.
I o[……]
step1. 安装软件rnaseqlib.
pip install –upgrade pip
pip install git+https://github.com/yarden/rnaseqlib.git
pip install gffutils
step2. 从UCSC下载ensGene.txt, knownGene.txt, refGene.txt到一个目录中,比如http:[……]
在package的维护过程中,我们常常遇到的一个困难就是无法重复bioconductor build系统中的错误。有些时候我们想方设法把系统做得和bioconductor build系统做得一致,但是过了几个月,因为疏于维护,或者每日更新过于麻烦,有些时候就无法重复bioconductor build中的错误了。
在这个时候,我们可以利用bioconductor docker来对自己的pac[……]
参考文献:
1. Pertea M, Pertea GM, Antonescu CM, Chang TC, Mendell JT & Salzberg SL. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads Nature Biotechnology 2015, doi:10.1038/[……]
如果你是一名开发人员,你会发现,当你使用R3.3时,bioconductor不能使用biocLite自动更新了,它会显示不支持R3.3。
这是因为通过source(“http:bioconductor.org/biocLite.R”)安装的BiocInstaller不是最新版本的缘故。
所以通过安装最新的BiocInstaller就可以解决问题了。
tmp[......]<p class="read-more"><a href="http://qiubio.com/archives/4093">继续阅读</a></p> |
当我们拿到一个测序结果,实验人员也搞不清楚他的结果的library type怎么运行tophat呢?
依照手册,你可以先访问实验人员,他使用的是什么样的测序手段,是用的illumina还是SOLiD。如果是SOLiD,多半是second strand. 如果是illumina,可能还是分辨一下,主要是分辨unstraned还是firststrand.
这可能需要分三步走:
1 r[……]