travis-ci.com是一个非常流行的软件测试网站。它会自动检测你在github上软件包的变动而进行编译测试，你可以在readme文档中加入测试结果是否passing的图像，非常方便。但是，也可能会出很多bug，因为它会涉汲多方面的环境，测试出错不一定是自己的软件包出现了问题。
第一步，在travis-ci.com上使用你的github帐号注册一个用户。
第二步，在github中选择你希望[……]
标签：软件
软件与网络应用
install R with cairo in macOS Mojave
When I install R-devel version in macOS Mojave, I always got
Capabilities skipped: cairo
I tried to install the cairo and pango by brew
brew install cairo pango
But it does not work at all.
I o[……]
儿童学习小工具
构建miso annotation
step1. 安装软件rnaseqlib.
pip install –upgrade pip
pip install git+https://github.com/yarden/rnaseqlib.git
pip install gffutils
step2. 从UCSC下载ensGene.txt, knownGene.txt, refGene.txt到一个目录中，比如http:[……]
如何使用bioconductor docker来debug程序中的错误
在package的维护过程中，我们常常遇到的一个困难就是无法重复bioconductor build系统中的错误。有些时候我们想方设法把系统做得和bioconductor build系统做得一致，但是过了几个月，因为疏于维护，或者每日更新过于麻烦，有些时候就无法重复bioconductor build中的错误了。
在这个时候，我们可以利用bioconductor docker来对自己的pac[……]
随机算数题
RNA-seq差异表达分析工作流程-2
参考文献：
1. Pertea M, Pertea GM, Antonescu CM, Chang TC, Mendell JT & Salzberg SL. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads Nature Biotechnology 2015, doi:10.1038/[……]
在R3.3中安装Bioconductor最新安装包
如果你是一名开发人员，你会发现，当你使用R3.3时，bioconductor不能使用biocLite自动更新了，它会显示不支持R3.3。
这是因为通过source(“http:bioconductor.org/biocLite.R”)安装的BiocInstaller不是最新版本的缘故。
所以通过安装最新的BiocInstaller就可以解决问题了。
tmp[......]<p class="read-more"><a href="http://qiubio.com/archives/4093">继续阅读</a></p> |
cbioportal的CGDS-R库使用介绍
tophat library type 应该怎么设置
当我们拿到一个测序结果，实验人员也搞不清楚他的结果的library type怎么运行tophat呢？
依照手册，你可以先访问实验人员，他使用的是什么样的测序手段，是用的illumina还是SOLiD。如果是SOLiD，多半是second strand. 如果是illumina，可能还是分辨一下，主要是分辨unstraned还是firststrand.
这可能需要分三步走：
1 r[……]