1. 下载并安装Aspera client extension.
2. 下载Repository Key (.ngc)文件.
3. 下载sra-toolkit.
4. 使用path/to/sra-toolkit/bin/vdb-config -i 导入.ngc文件。并设置下载数据所在的目录。默认值会是在~/ncbi/dbGaP-xxxxx/。
5. 使用Aspera client下载文件至前一步指定的目录中去。
6. cd 至第四步指定的目录中,运行path/to/sra-toolkit/bin/vdb-decrypt ./path_to_aspera_download.
如果遇到错误:
2018-07-26T18:22:18 vdb-decrypt.2.9.2 err: encryption key not found while opening manager within virtual file system module – unable to obtain a password
2018-07-26T18:22:18 vdb-decrypt.2.9.2: exiting: RC(rcVFS,rcMgr,rcOpening,rcEncryptionKey,rcNotFound) (2615479768)
那么请从第4步开始,指定下载目录后,将下载来的数据拷贝到第4步中指定的目录去,然后运行第6步。其错误并不是真的找不到password,而是目录结构不对。
求助大神dbGAP下载的eRA commons的账号申请,可否私信聊,万分感谢
私聊也帮助不大。最重要的还是身份,研究计划,以及团队。其它的就是学校的支持了。祝你好运。
这个申请比较复杂,SAM+(Grants)+DUNS+NCAGE,后面还要提交博主说的东西,最后就是PI的认证申请,然后就差不多可以使用了。具体的可以查看http://www.dzbioinformatics.com/2018/06/07/tcga%E7%94%B3%E8%AF%B7/