因为现在ensembl已经更新了human的注释库，所以当你直接使用
library("biomaRt")
database <- listDatasets(useMart("ensembl"))
database[database[,1]=='hsapiens_gene_ensembl',] |
library("biomaRt")
database <- listDatasets(useMart("ensembl"))
database[database[,1]=='hsapiens_gene_ensembl',]
dataset description version
32 hsapiens_gene_ensembl Homo sapiens genes (GRCh38) GRCh38 |
dataset description version
32 hsapiens_gene_ensembl Homo sapiens genes (GRCh38) GRCh38
你会得到的是GRCh38（hg38）的注释库。
那么如何转换至hg19注释库呢？
使用
mart <- useMart("ENSEMBL_MART_ENSEMBL", host="grch37.ensembl.org", path="/biomart/martservice")
database <- listDatasets(mart)
database[database[,1]=='hsapiens_gene_ensembl',] |
mart <- useMart("ENSEMBL_MART_ENSEMBL", host="grch37.ensembl.org", path="/biomart/martservice")
database <- listDatasets(mart)
database[database[,1]=='hsapiens_gene_ensembl',]
dataset description version
31 hsapiens_gene_ensembl Homo sapiens genes (GRCh37.p13) GRCh37.p13 |
dataset description version
31 hsapiens_gene_ensembl Homo sapiens genes (GRCh37.p13) GRCh37.p13
相关
提一点小建议吧。
我感觉新浪博客不是个好的选择。广告多，页面不够清新，给人的感觉不像是技术性的博客。
CSDN会好很多
谢谢您的建议。但是我实在是没有太多的选择。CSDN虽然专业一些，但是考虑到用户数量等，还是决定用sina。sina最让人不爽的，就是敏感词设置地莫名其妙。