生物信息学生R入门教程–输入与输出

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在阅读本节前请自测，如果全部都知道正确答案，则可跳过本节。

• 如何变更工作目录？
• 文本输入时如何只读取前五行？
• 读取xls文件需要调用什么软件包？
• 读写数据库文件有哪些软件包？
• 保存R数据时如何达到最大压缩比？
• 使用Excel读取R输出的文本文件时有哪些潜在的错误可能？

无论是输入还是输出，首先面临的问题是如何改变工作路径的问题。在R中使用setwd()函数来改变当前目录，使用getwd()来获取当前目录。

> path <- getwd()  ##获取当前工作目录
> basename(path)

## [1] "book"

> path <- "test"
> dir.create(path)  ## 创建一个目录
> setwd(path)  ## 变更工作目录
> setwd("..")  ## 变更目录至上一级
> unlink(path, recursive = TRUE)  ## 删除目录
> dir()  ##查看当前目录

##  [1] "1-s2.0-S0968605302000959-main.pdf"    
##  [2] "ars%2E2012%2E4923.pdf"                
##  [3] "art%3A10.1007%2Fs40142-013-0013-7.pdf"
##  [4] "chipArray.docx"                       
##  [5] "chipArray.html"                       
##  [6] "chipArray.md"                         
##  [7] "chipArray.Rmd"                        
##  [8] "data"                                 
##  [9] "ebook"                                
## [10] "figure"                               
## [11] "geo.microarray.submit.byyear.pdf"     
## [12] "mb2201.pdf"                           
## [13] "mb2204.pdf"                           
## [14] "shareParts"                           
## [15] "常见问题（2014-2-26）.docx"

R的输入输出主要有几个类型：文本文件，xls文件，数据库文件，R文件，其它统计软件来源的文件。