使用pathview图形化显示KEGG富集结果

> library("org.Hs.eg.db")
> frame <- toTable(org.Hs.egPATH)
> keggframeData <- data.frame(frame$path_id, frame$gene_id)
> keggFrame=KEGGFrame(keggframeData,organism="Homo sapiens")
> library("GSEABase")
> library("GOstats")
> gsc <- GeneSetCollection(keggFrame, setType = KEGGCollection())
> universe = Lkeys(org.Hs.egGO)
> library(GeneAnswers)
> data("humanExpr")
> genes <- as.character(humanExpr$GeneID)
> kparams <- GSEAKEGGHyperGParams(name="My Custom GSEA based annot Params",
+  geneSetCollection=gsc,
+  geneIds = genes,
+  universeGeneIds = universe,
+  pvalueCutoff = 0.05,
+  testDirection = "over")
> kOver <- hyperGTest(kparams)
> kOver <- summary(kOver)
> library(pathview)
> gene.data <- humanExpr$Ctrl1
> names(gene.data) <- humanExpr$GeneID
> pv.out <- pathview(gene.data=gene.data, pathway.id=kOver$KEGGID[1], species="hsa", out.suffix="pathview.hsa04110.Ctrl1", kegg.native=TRUE)

12 thoughts on “使用pathview图形化显示KEGG富集结果”

1. 您好，能够解释一下KEGG富集分析图形化后这个输出图的含义么，新手不知道怎么理解

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   1. 颜色标记显示有多少基因在这一path中被富集，上调用红色，下调用绿色表示。

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2. 你好，我一直有个疑问，无论用哪个KEGG的包分析这个pathway，我怎么知道用哪个编号的图了？就是最后的04110

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   1. 您的问题实在是让人难以理解啊。是不是不在国内多年，我的语文水平下降了？我理解的是当使用GOStats等包做完富集分析之后，你会得到富集的pathway的id，这个id就是类似hsa04110这类的编号了。

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3. 想请问楼主，我有一组因为病毒感染人类细胞后，通过cufflinks分析得到的上调表达了的基因，我该怎样做功能分析。
   我的方法是，下载了蛋白质序列，然后在kegg数据库里拿到了k number。不知道怎样带入楼主显示的pathview的过程中？
   按照楼主的例子一字不差的输入r之后，得到了楼主显示的cell cycle的图。但是，怎样置换了我自己的数据集啊？
   我初次接触r语言包，而且从昨天才开始学习kegg数据库。谢谢哈！

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   1. 这样的问题我很难回答啊。你可以先试着写自己的代码，如果走不动了再来问比较好。

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4. 请问， 是否有办法提高pathview输出的png图片分辨率？或者有其他办法输出质量较好的pdf也好？谢谢

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   1. 请参考png和pdf的说明。在R中try
      ?png
      ?pdf

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5. 请问这个图能调分辨率么？

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   1. 可以的。你看一下说明文件，有两个参数吧，可以调整输出文件的长和宽。

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6. 根据原文作者在bioconductor的回答，并不推荐改变分辨率大小？https://support.bioconductor.org/p/53566/

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   1. 谢谢分享

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