pathview是一个新推出的Bioconductor软件包,可以用于图形化显示KEGG富集分析的结果。
这里我就来示例一下如何使用pathview以及其输出图形的效果:
> library("org.Hs.eg.db") > frame <- toTable(org.Hs.egPATH) > keggframeData <- data.frame(frame$path_id, frame$gene_id) > keggFrame=KEGGFrame(keggframeData,organism="Homo sapiens") > library("GSEABase") > library("GOstats") > gsc <- GeneSetCollection(keggFrame, setType = KEGGCollection()) > universe = Lkeys(org.Hs.egGO) > library(GeneAnswers) > data("humanExpr") > genes <- as.character(humanExpr$GeneID) > kparams <- GSEAKEGGHyperGParams(name="My Custom GSEA based annot Params", + geneSetCollection=gsc, + geneIds = genes, + universeGeneIds = universe, + pvalueCutoff = 0.05, + testDirection = "over") > kOver <- hyperGTest(kparams) > kOver <- summary(kOver) > library(pathview) > gene.data <- humanExpr$Ctrl1 > names(gene.data) <- humanExpr$GeneID > pv.out <- pathview(gene.data=gene.data, pathway.id=kOver$KEGGID[1], species="hsa", out.suffix="pathview.hsa04110.Ctrl1", kegg.native=TRUE) |
您好,能够解释一下KEGG富集分析图形化后这个输出图的含义么,新手不知道怎么理解
颜色标记显示有多少基因在这一path中被富集,上调用红色,下调用绿色表示。
你好,我一直有个疑问,无论用哪个KEGG的包分析这个pathway,我怎么知道用哪个编号的图了?就是最后的04110
您的问题实在是让人难以理解啊。是不是不在国内多年,我的语文水平下降了?我理解的是当使用GOStats等包做完富集分析之后,你会得到富集的pathway的id,这个id就是类似hsa04110这类的编号了。
想请问楼主,我有一组因为病毒感染人类细胞后,通过cufflinks分析得到的上调表达了的基因,我该怎样做功能分析。
我的方法是,下载了蛋白质序列,然后在kegg数据库里拿到了k number。不知道怎样带入楼主显示的pathview的过程中?
按照楼主的例子一字不差的输入r之后,得到了楼主显示的cell cycle的图。但是,怎样置换了我自己的数据集啊?
我初次接触r语言包,而且从昨天才开始学习kegg数据库。谢谢哈!
这样的问题我很难回答啊。你可以先试着写自己的代码,如果走不动了再来问比较好。
请问, 是否有办法提高pathview输出的png图片分辨率?或者有其他办法输出质量较好的pdf也好?谢谢
请参考png和pdf的说明。在R中try
?png
?pdf
请问这个图能调分辨率么?
可以的。你看一下说明文件,有两个参数吧,可以调整输出文件的长和宽。
根据原文作者在bioconductor的回答,并不推荐改变分辨率大小?https://support.bioconductor.org/p/53566/
谢谢分享