Circos系列教程（一）安装

2011-11-022019-06-12 ~ admin

引子

Circular genome and data visualization with Circos (950 x 234)

闲来无事，翻看CELL杂志，发现很多基因组的图都使用circos来作图，于是就去circos.ca网上看了一眼，发现果然是个基因组研究绘图强大工具，应该为生物信息员掌握。于是花了点时间，来试验它的每一个设置。上网搜索发现，它的中文资料少得可怜，于是将心得体会做一总结，形成这一系列教程。希望能对急于掌握circos又不擅长阅读英语的人有所帮助。－－糗世界之糗糗

下载与安装

下载地址：http://circos.ca/software/download/circos/

circos是基于perl的脚本程序。它的安装难度在于安装好perl以及它所需要的模块。对于windows用户，可以试着安装Strawberry Perl或者ActiveState Perl。这两者都是不错的选择。对于Unix/linux/MacOS用户，很可能你已经安装了perl，否则，你可以到http://www.perl.org/get.html去下载安装。

我们需要测试一下perl的环境， UNIX/Linux/MacOS用户

> which perl
/usr/bin/perl
> perl -v
This is perl, v5.10.0 built for ...

Windows用户

> perl -v
This is perl, v5.10.0 built for ...

接着，我们将下载下来的circos程序解压，假设它的目录是circos-x.xx

> cd circos-x.xx
> bin/circos -man

你可能得到一个帮助页面，那么你安装circos已经成功。也可能得到是出错信息。

常见错误1：

-bash: /bin/env: No such file or directory

对于MacOS用户或者遇到这一提示的用户的问题是，env的安装目录并非典型的/bin/env，而是/usr/bin/env。我们需要将env文件的位置设置正确。

> which env
/usr/bin/env

现在有两个解决办法，第一个是将所有bin/*或者tools/*/bin文件中第一行写有

#!/bin/env perl

改成

#!/usr/bin/env perl

第二个办法（可能更方便）是在bin下建立一个env文件的链接。

> cd /bin
> sudo ln -s /usr/bin/env env

常见错误2：

Can't locate Config/General.pm in @INC ...

无论是什么pm文件，如果出现这类错误，那就说明相应的模块没有安装。Circos需要以下模块

Config::General (v2.50 or later)
GD
GD::Polyline
List::MoreUtils
Math::Bezier
Math::Round
Math::VecStat
Params::Validate
Readonly
Regexp::Common
Set::IntSpan (v1.16 or later)

如果是Window用户，Strawberry Perl和ActiveState Perl都有安装包管理程序，你可以很轻松的从CPAN安装上面的这些模块。如果是UNIX/Linux/MacOS用户，需要使用CPAN shell安装。
对于UNIX/Linux/MacOS用户，可以使用circos包中bin/test.modules来测试需要安装那些包

> cd bin
> ./test.modules

对提示有failed模块，我们进入shell安装。

> sudo perl -MCPAN -e shell #这里需要root权限，否则你有可能得到permission denied error
> install Config::General #缺少什么模块就install什么模块，这里的Config::General只是个示例

或者你可以直接去CPAN上下载安装包，在本地解压并安装。比如Set::IntSpan

# download module
> wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/S/SW/SWMCD/Set-IntSpan-1.16.tar.gz
# unpack archive
> tar xvfz Set-IntSpan-1.16.tar.gz
> cd Set-IntSpan-1.16
# configure and compile
> perl Makefile.PL
Checking if your kit is complete...
Looks good
Writing Makefile for Set::IntSpan
> make
cp IntSpan.pm blib/lib/Set/IntSpan.pm
Manifying blib/man3/Set::IntSpan.3
> make test
» make test
PERL_DL_NONLAZY=1 /home/martink/perl/5.10.0/bin/perl "-MExtUtils::Command::MM"
"-e" "test_harness(0, 'blib/lib', 'blib/arch')" t/*.t
t/binary.t .... ok
t/bsearch.t ... ok
...
t/spans.t ..... ok
t/subclass.t .. ok
t/unary.t ..... ok
All tests successful.
Files=18, Tests=1931, 0 wallclock secs ( 0.28 usr 0.03 sys + 0.36 cusr 0.06 csys = 0.73 CPU)
Result: PASS
# install (keep in mind file permission requirements, as described below)
> make install

对于Params::Validate，是使用Build system,

# download module
> wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/D/DR/DROLSKY/Params-Validate-0.95.tar.gz
# unpack archive
> tar xvfz Params-Validate-0.95.tar.gz
> cd Params-Validate-0.95
# configure and compile
> perl Build.PL
Creating new 'MYMETA.yml' with configuration results
Creating new 'Build' script for 'Params-Validate' version '0.95'
> ./Build
Building Params-Validate
cc -Ic -I/home/martink/perl/5.10.0/lib/5.10.0/x86_64-linux/CORE -DXS_VERSION="0.95"
-DVERSION="0.95" -fPIC -c -fno-strict-aliasing -pipe -D_LARGEFILE_SOURCE
-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm -O2 -o lib/Params/Validate.o lib/Params/Validate.c
ExtUtils::Mkbootstrap::Mkbootstrap('blib/arch/auto/Params/Validate/Validate.bs')
cc -shared -O2 -o blib/arch/auto/Params/Validate/Validate.so lib/Params/Validate.o
> ./Build test
t/01-validate.t ............ ok
t/02-noop.t ................ ok
t/03-attribute.t ........... ok
...
t/30-hashref-alteration.t .. ok
t/kwalitee.t ............... skipped: This test is only run for the module author
t/pod-coverage.t ........... skipped: This test is only run for the module author
t/pod.t .................... skipped: This test is only run for the module author
All tests successful.
Files=32, Tests=497, 1 wallclock secs ( 0.10 usr 0.04 sys + 0.78 cusr 0.13 csys = 1.05 CPU)
Result: PASS
# install (keep in mind file permission requirements, as described below)
> ./Build install

对于MacOS用户，如果提示

bash: make command not found

那么你需要下载并安装Xcode

> which make
/usr/bin/make

对于MacOS用户，如果安装包的过程中出现困难，有些包怎么都无法安装，比如gd库，可以转换思想，使用port安装。
在下载安装好port之后，可以使用

> sudo port selfupdate
> sudo port install perl5
> sudo port install p5.12-gd #注意现在的perl5是5.12版本，将来可能会变化，需要使用perl5 -v来确认
...

因为port安装是全新的版本，并没有替换掉之前的perl。所以需要对circos文件做出修改，所有bin/*或者tools/*/bin文件中第一行写有

#!/usr/bin/env perl

改成

#!/usr/bin/env perl5

MacOS也可以使用brew来安装。

brew install perl
brew link --overwrite perl
brew install libgd
sudo perl -MCPAN -e shell
install GD Math::Bezier Params::Validate Math::VecStat Font::TTF::Font Clone Config::General GD::Polyline List::MoreUtils Math::Round Readonly Statistics::Basic Set::IntSpan Text::Format SVG Regexp::Common

至此，你将成功地运行circus

qiuworld$ /path/to/circos/bin/circos -man
 
CIRCOS(1)             User Contributed Perl Documentation            CIRCOS(1)
 
NAME
                                           ____ _
                                          / ___(_)_ __ ___ ___  ___
                                         | |   | | '__/ __/ _ \/ __|
                                         | |___| | | | (_| (_) \__ \
                                          \____|_|_|  \___\___/|___/
 
                                                       round is good
 
       circos - generate publication-quality, circularly-composited plots
           of data and annotations layered on chromosome ideograms
 
SYNOPSIS
         circos -conf circos.conf [-silent] [-debug] [-help] [-man]
 
DESCRIPTION
       This is a command line interface to Circos. Most settings are meant to
       be passed using a configuration file.
 
       All command line options listed below can be defined in the
       configuration file. Defining them on the command line is useful when
       using a configuration template for many images.
 
OPTIONS
   Configuration
       -configfile FILE
           Name of configuration file. This is required.
 
   Ideograms
       -chromosomes STRING
       -chromosomes_order STRING
       -chromosomes_scale STRING
       -chromosomes_radius STRING
           Defines list, order, scale and radius of ideograms.
 
   Output Format
       -png
       -24bit
       -svg
           Toggles output of PNG and SVG files.
 
           When using transparency, make sure that PNG output is 24-bit.
 
   Output Paths
       -outputdir DIR
       -outputfile FILE
           Change the output directory and filename.
 
   Input Format
       -file_delim DELIMITER
           Specify the file delimiter for all input data files. By default
           this is a space. Use a tab if you want to have multi-word records
           in the data files (e.g. multi word labels).
 
   Custom Fields
:

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23 thoughts on “Circos系列教程（一）安装”

gaorongchao说道：

2013-05-09 9:53 下午

您好，看了您的Circos的教程，所以想转载一下，不知是否可以，谢谢！

回复
1. admin说道：
  
  2013-05-09 10:20 下午
  
  转载请注明出处，谢谢。
  
  回复
Kain说道：

2013-12-03 9:08 上午

你好，请问，你文中说的Windows下Perl的Mod安装会有一个管理程序，但是我安装了草莓Perl，没有发现有管理程序，不知道要怎么安装Mod~望解答~

非常感谢！

回复
1. mos说道：
  
  2013-12-03 10:12 上午
  
  你好，我刚安装了circos，草莓Perl下可以用 -MCPAN -e shell 指令下载Mod的。
  
  回复
Jane说道：

2014-03-10 8:46 上午

你好，我在ubuntu上用新立得直接安装的circos，但运行circos -conf ./circos.conf时提示如下错误：
Config::General The file “etc/colors.ucsc.conf” does not exist within ConfigPath: /etc/circos…./etc./usr/bin/etc./usr/bin/../etc./usr/bin/…/usr/bin! at /usr/share/perl5/Circos/Configuration.pm line 382
请问如何解决？谢谢！

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1. admin说道：
  
  2014-03-10 9:04 上午
  
  路径问题。请检查你的circos的运行路径是否在PATH变量中。
  
  回复
Yolanda说道：

2014-10-16 9:31 下午

您好，我是perl初学者，恩问的可能是个有点傻的问题，刚刚完成了安装，但回过神来发现不知道安装的这些模块的目录，也不知道circos的执行文件所在目录，是在circos文件夹下的bin目录吗？需不需要另添加到环境变量？

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1. admin说道：
  
  2014-10-20 11:14 上午
  
  circos会自己检测它们是否安装正确。你可通过http://perldoc.perl.org/perlfaq3.html#How-do-I-find-which-modules-are-installed-on-my-system%3f网页学到更多。
  
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啡一般说道：

2014-10-31 11:12 上午

作者您好！我按您的方法检测circos是否正确安装，显示的是bin不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件
这是为什么呢？

另外我在按别的网站说用strawberry perl的client来安装各个module的时候，按着教程试着做，提示缺少statistics::basic 和 SVG模块，SVG模块我安装上了，但是statistics::basic怎么都装不上，在make的过程中不停重复，install那里说有一个解压失败，这是为什么？换了ActiveState Perl，把模块都装上了，就是出现我上面说的，没有正确安装。
谢谢！

回复
1. admin说道：
  
  2014-11-04 8:41 上午
  
  安装问题我没有办法帮助您，因为这个原因非常多，我的perl的水平也有限。你最好求助身边的朋友。
  
  回复
haonpu说道：

2014-12-03 1:48 上午

在建立符号链接的这一段：
“对于MacOS用户或者遇到这一提示的用户的问题是，env的安装目录并非典型的/bin/env，而是/usr/bin/env。我们需要将env文件的位置设置正确。”
您用的命令是：
sudo ln -s /usr/bin/env env
我照着做了以后，还是会报错：-bash: /bin/env: No such file or directory
当我尝试这样建立符号链接时，错误就没有了，
sudo ln -s /usr/bin/env /bin/env
这句话是把符号链接建立在了路径：/bin中，
我的环境是Ubuntu12.04 32 的机器，博主知道这是为什么吗？谢谢

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1. admin说道：
  
  2014-12-03 2:39 下午
  
  你不是在bin目录下操作的吧？
  
  回复
haonpu说道：

2014-12-03 9:18 下午

是在bin目录下进行的操作，符号链接已经建立好了，就是没效果，您可以看看这里，这是我的操作：http://media-cache-ec0.pinimg.com/originals/7b/ab/d7/7babd7914f10ccc06918331ca4dc3c2b.jpg
当我这样建立符号链接时：
sudo ln -s /usr/bin/env /bin/env
，就可以了，好奇怪啊

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1. admin说道：
  
  2014-12-04 9:23 上午
  
  的确很奇怪啊。
  
  回复
haonpu说道：

2014-12-03 9:23 下午

操作如下：
root@x:/home/x/program/circos-0.67/bin# sudo ln -s /usr/bin/env env
root@x:/home/x/program/circos-0.67/bin# l
circos* env@ gddiag* list.modules* test.modules*
root@x:/home/x/program/circos-0.67/bin# cd ..
root@x:/home/x/program/circos-0.67# bin/circos -man
bash: bin/circos: /bin/env: 坏的解释器: 没有那个文件或目录
root@x:/home/x/program/circos-0.67# cd bin/
root@x:/home/x/program/circos-0.67/bin# sudo ln -s /usr/bin/env /bin/env
root@x:/home/x/program/circos-0.67/bin# circos -man
未找到 ‘circos’ 命令，您要输入的是否是：
命令 ‘circo’ 来自于包 ‘graphviz’ (main)
circos：未找到命令
root@x:/home/x/program/circos-0.67/bin# cd ..
root@x:/home/x/program/circos-0.67# bin/circos -modules
ok 1.20 Carp
ok 0.37 Clone
ok 2.56 Config::General
ok 3.36 Cwd
ok 2.130_02 Data::Dumper
ok 2.51 Digest::MD5
ok 2.82 File::Basename

回复
1. admin说道：
  
  2014-12-04 9:31 上午
  
  你是在circos的bin里做的link，难怪。你需要做的是cd /bin。不过反正你做了sudo ln -s /usr/bin/env /bin/env.这样就可以了。
  你试试where circos，看看能不能找到circos. 找不到的话，你可以export PATH=$PATH:~/program/circos-0.67/bin.
  如果你要在~/program/circos-0.67/bin目录下操作的话，你需要使用./circos。
  这些都是最基本的linux操作，可能你需要对linux再熟悉一点。
  
  回复
haonpu说道：

2014-12-09 1:03 上午

恩，好的，多谢:-D

回复
augsdihh说道：

2015-06-16 3:31 上午

你好，我安装好所需的模块以后执行
./circos -man
出现如下信息以及circos 的帮助文档，应该是不影响circos的使用：
You have an old groff. Update to version 1.20.1 for good Unicode support.
If you don’t upgrade, wide characters may come out oddly.

at /psc/program/install/perl-5.18.1/lib/5.18.1/Pod/Perldoc.pm line 1346.
You have an old groff. Update to version 1.20.1 for good Unicode support.
If you don’t upgrade, wide characters may come out oddly.

at /psc/program/install/perl-5.18.1/lib/5.18.1/Pod/Perldoc.pm line 1346.

后来按照README执行
../bin/circos -conf etc/circos.conf
报错：
Sort subroutine didn’t return single value at /psc/home/huanghuan/software/perl_module/circos-0.67/bin/../lib/Circos/Debug.pm line 143.
不知道是什么问题？是没有装好，还是配置的问题？谢谢

回复
augsdihh说道：

2015-06-16 3:54 上午

您好，问题解决了，换了最新版的，就OK了

回复
Mariel说道：

2016-05-10 10:44 下午

If no options are passed on the command line. The program will
attempt to autoconfigure itself with the gdlib-config program (present
in GD versions 2.0.27 or later). Otherwise it will prompt for these
values interactively.
Warning: No success on command[/usr/bin/perl Build.PL –installdirs site]
LDS/GD-2.56.tar.gz
/usr/bin/perl Build.PL –installdirs site — NOT OK
Running Build test
Make had some problems, won’t test
Running Build install
Make had some problems, won’t install
Failed during this command:
LDS/GD-2.56.tar.gz : writemakefile NO ‘/usr/bin/perl Build.PL –installdirs site’ returned status 512

安装GD模块时遇到这个问题，请问如何解决？？

回复
1. admin说道：
  
  2016-05-17 6:04 上午
  
  这个问题在我能力之外。请使用google的查找如何安装GD。
  
  回复
mutoushenshi说道：

2017-03-22 11:15 上午

您好，感谢你的分享。根据您的文章所推荐的顺序，我执行了circos -modules这一步时，所有模块都是正常的。但在执行circos -man时总是显示“系统找不到指定的路径”，这是为什么呢。

回复
1. admin说道：
  
  2017-03-27 12:52 下午
  
  这个错误有没有上下文？最好的全部的错误都发出来。
  
  回复