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232 thoughts on “R/Bioconductor

  1. 博主你好,现在在学习您的教程,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!

  2. Please give me the password “bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”, thanks to ur kindness help!

  3. 欧老师,您好,我一直在参考您参与著作的“R语言与Bioconductor生物信息学应用”,现在一直有一个问题没有解决:多个探针组对应一个基因时,我可以通过什么函数或者package解决取多个探针组表达值均值的问题。书中提供的方案是下载其它研究机构合并好的CDF、probe文档(链接已经失效),但我无法通过此途径解决。只能希求您的帮助。谢谢。

    1. 合并好的CDF文件其实并不是研究的主流。你还是使用正常的CDF文件,做完以后,依照探针组的类别(http://www.affymetrix.com/support/help/faqs/mouse_430/faq_8.jsp)进行筛选比较合适。

  4. 博主你好,现在在学习您的教程,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!

  5. 也求博主分享全自动处理基因芯片的密码!在此表示万分感谢!个人觉得应该对自己的水平提高有所帮助!

  6. 老师您好,我是一名刚刚毕业的临床研究生,我叫王冶,最近我按照limma说明书做差异分析遇到一个问题,当我输入命令fit2<-ebays(fit1)后,弹出警告Zero sample variances detected, have been offset away from zero。随后继续输入toptable依然会得出差异基因。我不明白是哪里出了问题。请老师帮我解释为什么会有警告和警告的意思。

    1. 这只是告诉你至少有一个gene它的表达值在所有的样品中没有任何变化,这个gene会在计算中被忽略.

  7. 也求博主分享全自动处理基因芯片的密码!正在做基因芯片分析,十分感谢

  8. 博主你好,现在也是正在学习您的教程,收获颇多,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!

  9. 老师您好,在您的文章中收获良多,希望有空的时候能一份给全自动处理基因芯片的密码,谢谢您

  10. 博主您好,请问“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”文章的密码是?另外对于Bioinformatics初学者,分析基因表达microarray和RNA-Seq数据,有没有R实用性书籍推荐呢?大部分时间精力集中在试验台上,需要用到R做一些分析的时候感觉无从下手。。。当然您的博客很有帮助

    1. 已发送,请查收。

      感谢您的鼓励。您客气了。在中文书籍中,我还真是很保留自己的意见。真的想学的话,最好的办法就是自己有活要做,然后在我的博客中找到相应的文章中提的软件包,去读这些软件包的说明文档。这是我个人的学习经验,不一定适合每一个人,但是我以为是最好的办法了。

  11. 博主你好,现在在学习您的教程,求bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码,谢谢!

  12. 正在学习怎么处理微阵列数据。看到老师的教程,请老师分享全自动处理基因芯片的密码!万分感谢

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