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248 thoughts on “R/Bioconductor”

  1. 请求’bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序 ‘该章节的密码。非常感谢～

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  2. 博主您好，正在学习处理芯片文件，请问能将《bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件》的R程序代码发一份给我吗？我想参考一下，非常感谢。

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  4. 博主您好，能否将“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码或者R程序代码发我一下呢，最近在学习，非常感谢！

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  6. 博主您好，非常想学习一下您的：bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码，希望能发我一份，谢谢！

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  7. 博主您好，能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份，谢谢！

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  8. 博主，能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份，诚挚的谢谢！辛苦了

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  9. 楼主是牛人，我想问一下miRNA和lncRNA芯片分析和基因芯片分析有区别吗？尤其是lncRNA芯片，不知道应该怎么去做呢….感谢楼主，好人一生平安！

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  10. 也希望楼主能给发一份，bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码，不甚感激！

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  11. 你的讲座视频很好，支持楼主。同时想你能把bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序的过程用视频的方式给讲解一下，感谢

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  12. 博主你好，我购买了《R语言与Bioconductor生物信息学应用》这本书，现在正在学习芯片的分析，可以麻烦你发我一份“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的代码吗？不胜感激

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  13. 博主你好，最近买了《R语言与bioconductor生物信息学应用》一书，正在学习芯片分析，可以把“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”代码发我一份吗？多谢！

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  14. 希望楼主能给发一份，bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码，谢谢！

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  15. 欧博，您好，想前面了解一下”bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序“的相关博客内容，不知道是否可以将密码发给我一下，非常感谢。

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  16. 老师您好，我想学习一下”bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序“的相关博客内容，不知可否将密码发给我，并将代码发我一份，谢谢您了！

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  17. 博主您好，能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份，谢谢！

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  18. 博主你好！

    小弟正在拜读你的博客，深深地感到还有许多东西需要学习。

    本人在国内读研，没有编程基础，只是因为对生物信息学比较感兴趣而决定多加学习这方面的知识，你的博客很好，如果能够增加一个捐赠页面的话，我相信会有一些人会用这种方式表达对你的感谢的。

    此外，“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”可否让小弟学习一下？

    祝你生活愉快，祝你的孩子能够健康成长！

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    1. 谢谢。如果实在是想表示感谢，请多留言交流吧。捐赠的话，本人不想受打击……。密码已发送，请查收。

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  19. 老师您好，本人目前正在研究r语言方面的内容，非常感谢您提供了这么一个开放的平台，我目前想对“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”学习一下，能否提供密码？非常感谢。

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  20. 博主您好：麻烦您将这个“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”发一份给我,我正在学习芯片数据的处理~~

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  22. 博主您好，不知道能不能把“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的代码给我发一下？谢谢！

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  23. 请求’bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序 ‘该章节的密码。非常感谢～

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  24. 博主，您好，可否给我发一下您的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”这个的密码？

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  25. 老師您好，目前正在摸索接觸 r&bioconductor，可否請問您的著作之一的〝R語言與Bioconductor 生物信息學應該〞一書中的數據集與源代碼可以在哪取得？如果不很麻煩的話，可否請您給我發一份？！感謝！！

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    1. 请加入书中所提及的QQ群获取更多帮助。这主要是为了防止盗版。由此给您带来的不便，请见谅。

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  26. 謝謝老師您的撥冗回覆，因敝人不在中國境內，不確定書上前言所寫的 1606qq群還能否加入； 沒關係，我會再嘗試看看，謝謝您的提醒！

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  27. 博主你好，我最近在练习外显子测序的后续分析，公司给我了两个结果csv，我用read.csv读入后得到两个dataframe，R3/R6,里面是Gene symbol，GeneID，start，end，chr，AF等，其中AF是各SNV的频率，现在我想比较R6和R3中共有的SNV，以及其AF频率的差异。我的思路是利用这两个dataframe转换成GRanges，然后用%over%得到共有的SNV的GRanges对象，取R3[共有的SNV的GRanges对象]和R6[共有的SNV的GRanges对象]，就可以分别比较了。但是结果很遗憾R3[共有的SNV的GRanges对象]和R6[共有的SNV的GRanges对象]两个对象并不具有相同的SNV情况，不知道哪里错了……或者博主有没有什么更简单的思路，谢谢

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    1. 具体思路上应该没有问题。你需要注意的是，你读入数据没有读漏，用dataframe转换成GRanges没有错误。你使用overlapsAny,如果它没有给出任何overlaps，那就是没有overlaps了。
      你最好拿已知正确答案的例子来做练习，那样意外情况会少些。

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  28. 另外还有一个问题就是，请问GRanges之间的%in%, %over%和intersect有什么区别呢？为什么得到的结果有差别？谢谢

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    1. 我想你是不是问%over%, %within%和%outside%呢？%in%和intersect不是GRanges里面的。%over%就是overlapsAny的再包装，相当于overlapsAny(query, subject)
      %within%相当于overlapsAny(query, subject, type=”within”)
      %outside%相当于!%over%

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      1. 非常非常感谢博主的回复，上一个问题思路对的那就好，我再琢磨琢磨：）这个问题我看了Bioconductor里GenomicRanges包的说明，确实是有intersect的，%in%只是我随手试了试而已，得出不一样的结果，所以有点搞不清楚原理。我用unique后再用%over%感觉和intersect结果比较接近，怀疑intersect实际进行了unique的操作，这也是我意料外但是也需要的。回头我再用示例做做看……我现在发现intersect的结果基本就是我要的，但是intersect后得到一个GRanges会丢掉meta信息，我就没法进行后续的分析了，请问有什么好的建议么？

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  30. 博主，可否给我发一下bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序的密码？先谢谢啦

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  31. 博主你好，可否给我发一下bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序的密码？谢谢啦

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  32. 博主您好，能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份，谢谢！

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  33. 欧老师，希望能够查看“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”这片文章，能告知密码么？多谢。

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  34. 博主您好，能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份，谢谢！同时很感谢博主丰富的教程，小辈深感受益非且。

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  35. 博主您好，能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份，谢谢！

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  37. 博主您好，能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份，谢谢！

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  38. 您好，博主。我试着用ArabidopsisATH1-121502.CEL做表达分析时。将下载下来的文件放桌面上上了。然后在R中编辑如下语句：
    library(affy)
    Data library(affy)
    > Data Data
    错误: 找不到对象’Data’
    请问博主我的问题出在哪，为什么会找不到‘Data’

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  39. 博主您好，能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码也发给我一份，谢谢！

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  40. 博主您好，我只收到了“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件的R程序代码”的密码。没有收到代码啊。能否把代码也发份给我啊。谢谢

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  41. 博主您好，我在用cluster做一个分类的图，利用clusplot能自动将数据分成的三类，但同时因为我的数据内分也可以分为WT，HET及KO三类，我如何在clusplot的图上，将我数据中的WT，HET及KO三类用不同的颜色表示出来？

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      1. 谢谢博主的回复。可能我的意思表达的不清楚。我将我的代码复制如下：
        > mydata mydata mydata wss for (i in 2:15) wss[i] plot(1:15, wss, type=”b”, xlab=”Number of Clusters”, ylab=”Within groups sum of samples”)

        > fit aggregate(mydata,by=list(fit$cluster),FUN=mean)
        > mydata library(cluster)
        > clusplot(mydata, fit$cluster, color=TRUE, shade=TRUE, labels=2, lines=0)

        最终的图片我无法附上，其结果类似于“http://www.statmethods.net/advstats/cluster.html”网页中最下面的图。
        利用这个clusplot我的数据被分成了三类，但此三类不同于我数据中本身包含的“WT，HET，KO”三类，我浏览的这个数据包的说明，但是找不到可以根据数据分类的表示颜色的功能，所以想请教博主有没有其他的方法可以实现，如果博主知道的话，求教。

        刚刚接触R，看了博主的网页，学习到了很多，在此先谢过博主。 不好意思，再次打扰。

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        1. 如果你是说的clusplot的结果的话，它的每个点都可以通过col.p以及col.txt来设定颜色。尝试下面的代码：
          mydata <- USArrests[1:9,]
          fit <- kmeans(mydata, 3)
          cols <- c(WT=”red”, HET=”blue”, KO=”orange”)
          this.col <- cols[rep(c(“WT”, “HET”, “KO”), each=3)]
          clusplot(mydata, fit$cluster, color=TRUE, shade=TRUE,
          labels=2, lines=0, col.p=this.col)

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  42. 博主您好，能否将“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码或者R程序代码发我一下呢，最近在学习，非常感谢！

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  43. 您好，能否将“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码或者R程序代码发我一下呢，非常感谢！

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  44. 楼主您好，请问怎么使用Bioconductor分析Affymetrix的CytoScan HD 这一款SNP芯片呢？能不能麻烦您再写一篇关于这一块的文章？谢谢！

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  47. 老师！能麻烦发一份《bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序》参考学习一下嘛！十分感谢！

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  49. 希望楼主能给发一份，bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码，谢谢！

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  50. 最近有一直在处理affymatrix的cel文件，基本用apt-probeset系列工具处理，不知道楼主的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”能把cel文件处理得到什么程度的结果，很好奇，期待楼主能够发份代码让我学习学习。谢谢。

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    1. APT分析和bioconductor分析的最大的不同在于一个用的是SAM算法，一个主流使用RMA算法。
      密码已发送，请查收。

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