R基础
R进阶
- R中的pipelining(chaining)概念
- magrittr – Ceci n’est pas un pipe.
- R数据分析当中的化整为零(Split-Apply-Combine)策略
- 关于R当中的tapply
- 关于R当中的mapply
- 在R中为for loop, apply loop增加进度条(progress bar)
- R调用C程序
- R当中调用C
- R调用c++的hello world程序
- 将R包中的vignettes的Rnw文件转换成PDF文件
- 编辑中文的Rnw文件
- 在rmd文件中自动改变图片的长度或者宽度
- 从Rnw到Rmd, 改写vignette
- substitute() in S4
- mac OS下R安装universal版本的package
- R面向对象编程(Object-oriented programming(OOP))
- 如何创建一个R扩展包
- R扩展包的写作规范
- R/Bioconductor开发中import和depend的区别
- 使用RStudio结合devtools开发bioconductor扩展包
- 使用bioconductor的BiocStyle书写package vignettes
- 使用RStudio维护bioconductor软件包
- 使用travis-ci来测试R/Bioconductor包
- 为R/Bioconductor开发调整RStudio
- 如何使用bioconductor docker来debug程序中的错误
- 多版本R并存
- 每天更新R原码 svn R source
- 如何获取R中代码的运行效率
- 如何让R自动保存历史记录(auto save R history before crash)
- 使用R图形化显示不同组数据之间的相互关系 Graphically analyzing variable interactions in R
- 如何在R中使用超几何分布计算p-value
- Bioconductor并行(parallel)运算
- R为什么认为它们不相等
- R的内存管理
- 变更Rcpp的compiler
Bioconductor应用
- Bioconductor简介
- Bioconductor软件包下载统计
- bioconductor基础IRanges/GenomicRanges
- 基因芯片
- Bioconductor基础ExpressionSet介绍
- 如何为affymetrix exon array chip创建一个R下的annotation package
- 在bioconductor中生成PrimeView Human Gene Expression Array的annotation database
- 使用xps和oligo分析Affymetrix Exon/Gene ST Arrays
- 使用xps分析affymetrix genechip
- bioconductor系列教程之一分析基因芯片上
- bioconductor系列教程之一分析基因芯片中(质量控制)
- bioconductor系列教程之一分析基因芯片下(数据分析)
- bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序
- bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程(上)
- bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程中(质量控制)
- bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程下(综合应用)
- bioconductor系列教程之三–Affymetrix 外显子(exon)分析综合
- 使用bioconductor分析及处理Affymetrix SNP芯片
- 使用pd.genomewidesnp.6为GenomeWideSNP_6做注释
- 使用Bioconductor下载GEO(Gene Expression Omnibus)上的数据
- MeSH分析
- NGS
- 注释
- 使用R进行Gene Ontology(GO)富集分析过程中如何导出某一特定GO词条下所有的基因
- GO/KEGG富集分析enrichment analysis
- 如何使用R将DAVID功能分析中的function annotation cluster结果2D图合并显示
- 关于代谢途径(metabolic pathway)数据库
- 使用Bioconductor画染色体示意图ideograms
- 使用pathview图形化显示KEGG富集结果
- R当中的circos——OmicCircos
- 从org.Xx.eg.db包中提取基因起止位置
- 如何使用bioconductor做liftover
- 使用TranscriptDb获取所有的exons以及introns
- 使用R按照指定宽度计算覆盖率(calculate coverage by bins)
- 如何得到exon numbering
- 关于GenomicRanges::GRanges的几点
- RLElist to GRanges
- cbioportal的CGDS-R库使用介绍
故障与技巧
- 在R中遇到Warning: unable to access index for repository
- 使用Rcpp库在R下书写c++程序遭遇”memory not mapped”错误
- R安装遇到的两个小问题
- 安装Rgraphviz遇到的怪异问题(已解决)
- R 小技巧收集
- bioconductor troubleshoot 收集(不定期更新)
- R CMD check package遇到Error: cannot add bindings to a locked environment错误
- 升级完R后如何快速安装所有安装过的包
- 如何在Mac OS X下打开多个R GUI
- R中如何读取大数据
- 使用biocLite从原文件安装
- 使用R从网页中提取表格
- 使用Rcurl提交表单
- 升级Bioconductor至2.13
- 在R3.3中安装Bioconductor最新安装包
- 使用Excel对于生物信息学的潜在错误
- median center normalization
- 如何获取venn diagram中的基因列表
- IUPAC strings to pcm
- 如何使用R保存base64图像至文件
- error when install Rhtslib
请求’bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序 ‘该章节的密码。非常感谢~
已发送,请查收。
博主您好,正在学习处理芯片文件,请问能将《bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件》的R程序代码发一份给我吗?我想参考一下,非常感谢。
已发送,请查收。
bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”可否告知密码?
已发送,请查收。
博主您好,能否将“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码或者R程序代码发我一下呢,最近在学习,非常感谢!
已发送,请查收。
bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”可否告知密码?Thanks!!
已发送,请查收。
博主您好,非常想学习一下您的:bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码,希望能发我一份,谢谢!
已发送,请查收。
博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!
已发送,请查收。
博主,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,诚挚的谢谢!辛苦了
已发送,请查收。
楼主是牛人,我想问一下miRNA和lncRNA芯片分析和基因芯片分析有区别吗?尤其是lncRNA芯片,不知道应该怎么去做呢….感谢楼主,好人一生平安!
这两者都没有接触过。只接触过seq的结果。所有希望在你得到经验之后与我共享。
也希望楼主能给发一份,bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码,不甚感激!
已发送,请查收。
你的讲座视频很好,支持楼主。同时想你能把bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序的过程用视频的方式给讲解一下,感谢
谢谢。这个在准备中。因为太忙了,一直也没有时间做。
博主你好,我购买了《R语言与Bioconductor生物信息学应用》这本书,现在正在学习芯片的分析,可以麻烦你发我一份“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的代码吗?不胜感激
已发送,请查收。
博主你好,最近买了《R语言与bioconductor生物信息学应用》一书,正在学习芯片分析,可以把“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”代码发我一份吗?多谢!
已发送,请查收。
希望楼主能给发一份,bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码,谢谢!
已发送,请查收。
欧博,您好,想前面了解一下”bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序“的相关博客内容,不知道是否可以将密码发给我一下,非常感谢。
已发送,请查收。
老师您好,我想学习一下”bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序“的相关博客内容,不知可否将密码发给我,并将代码发我一份,谢谢您了!
已发送,请查收。
博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!
已发送,请查收。
博主你好!
小弟正在拜读你的博客,深深地感到还有许多东西需要学习。
本人在国内读研,没有编程基础,只是因为对生物信息学比较感兴趣而决定多加学习这方面的知识,你的博客很好,如果能够增加一个捐赠页面的话,我相信会有一些人会用这种方式表达对你的感谢的。
此外,“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”可否让小弟学习一下?
祝你生活愉快,祝你的孩子能够健康成长!
谢谢。如果实在是想表示感谢,请多留言交流吧。捐赠的话,本人不想受打击……。密码已发送,请查收。
老师您好,本人目前正在研究r语言方面的内容,非常感谢您提供了这么一个开放的平台,我目前想对“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”学习一下,能否提供密码?非常感谢。
已发送,请查收。
博主您好:麻烦您将这个“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”发一份给我,我正在学习芯片数据的处理~~
已发送,请查收。
能否也发我一份“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”,谢谢。
已发送,请查收。
博主您好,不知道能不能把“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的代码给我发一下?谢谢!
已发送,请查收。
请求’bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序 ‘该章节的密码。非常感谢~
已发送,请查收。
博主,您好,可否给我发一下您的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”这个的密码?
已发送,请查收。
老師您好,目前正在摸索接觸 r&bioconductor,可否請問您的著作之一的〝R語言與Bioconductor 生物信息學應該〞一書中的數據集與源代碼可以在哪取得?如果不很麻煩的話,可否請您給我發一份?!感謝!!
请加入书中所提及的QQ群获取更多帮助。这主要是为了防止盗版。由此给您带来的不便,请见谅。
謝謝老師您的撥冗回覆,因敝人不在中國境內,不確定書上前言所寫的 1606qq群還能否加入; 沒關係,我會再嘗試看看,謝謝您的提醒!
只要你不排斥QQ,出示你所买的书购书发票或者书实物的照片就可以了。
博主你好,我最近在练习外显子测序的后续分析,公司给我了两个结果csv,我用read.csv读入后得到两个dataframe,R3/R6,里面是Gene symbol,GeneID,start,end,chr,AF等,其中AF是各SNV的频率,现在我想比较R6和R3中共有的SNV,以及其AF频率的差异。我的思路是利用这两个dataframe转换成GRanges,然后用%over%得到共有的SNV的GRanges对象,取R3[共有的SNV的GRanges对象]和R6[共有的SNV的GRanges对象],就可以分别比较了。但是结果很遗憾R3[共有的SNV的GRanges对象]和R6[共有的SNV的GRanges对象]两个对象并不具有相同的SNV情况,不知道哪里错了……或者博主有没有什么更简单的思路,谢谢
具体思路上应该没有问题。你需要注意的是,你读入数据没有读漏,用dataframe转换成GRanges没有错误。你使用overlapsAny,如果它没有给出任何overlaps,那就是没有overlaps了。
你最好拿已知正确答案的例子来做练习,那样意外情况会少些。
另外还有一个问题就是,请问GRanges之间的%in%, %over%和intersect有什么区别呢?为什么得到的结果有差别?谢谢
我想你是不是问%over%, %within%和%outside%呢?%in%和intersect不是GRanges里面的。%over%就是overlapsAny的再包装,相当于overlapsAny(query, subject)
%within%相当于overlapsAny(query, subject, type=”within”)
%outside%相当于!%over%
非常非常感谢博主的回复,上一个问题思路对的那就好,我再琢磨琢磨:)这个问题我看了Bioconductor里GenomicRanges包的说明,确实是有intersect的,%in%只是我随手试了试而已,得出不一样的结果,所以有点搞不清楚原理。我用unique后再用%over%感觉和intersect结果比较接近,怀疑intersect实际进行了unique的操作,这也是我意料外但是也需要的。回头我再用示例做做看……我现在发现intersect的结果基本就是我要的,但是intersect后得到一个GRanges会丢掉meta信息,我就没法进行后续的分析了,请问有什么好的建议么?
你可以试试ChIPpeakAnno的findOverlapsOfPeaks.
谢谢博主
博主,可否给我发一下bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序的密码?谢谢
已发送,请查收。
博主,可否给我发一下bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序的密码?先谢谢啦
已发送,请查收。
博主你好,可否给我发一下bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序的密码?谢谢啦
已发送,请查收。
博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!
已发送,请查收。
欧老师,希望能够查看“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”这片文章,能告知密码么?多谢。
已发送,请查收。
博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!同时很感谢博主丰富的教程,小辈深感受益非且。
已发送,请查收。
博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!
已发送,请查收。
博主您好:
请问一下ExomeDepth call CNV 代码发我一份。谢谢
我手头也没有代码了。你再问问其它的人吧。
博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!
已发送,请查收。
您好,博主。我试着用ArabidopsisATH1-121502.CEL做表达分析时。将下载下来的文件放桌面上上了。然后在R中编辑如下语句:
library(affy)
Data library(affy)
> Data Data
错误: 找不到对象’Data’
请问博主我的问题出在哪,为什么会找不到‘Data’
我并不能看到你的完整的代码。但是从感觉上来讲,你可以试试小写的data
博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码也发给我一份,谢谢!
已发送,请查收。
博主您好,我只收到了“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件的R程序代码”的密码。没有收到代码啊。能否把代码也发份给我啊。谢谢
请仔细阅读博文《bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件的R程序代码》,其中包括代码。
博主您好,我在用cluster做一个分类的图,利用clusplot能自动将数据分成的三类,但同时因为我的数据内分也可以分为WT,HET及KO三类,我如何在clusplot的图上,将我数据中的WT,HET及KO三类用不同的颜色表示出来?
你可以试试ape包。这个链接的东西很不错。
谢谢博主的回复。可能我的意思表达的不清楚。我将我的代码复制如下:
> mydata mydata mydata wss for (i in 2:15) wss[i] plot(1:15, wss, type=”b”, xlab=”Number of Clusters”, ylab=”Within groups sum of samples”)
> fit aggregate(mydata,by=list(fit$cluster),FUN=mean)
> mydata library(cluster)
> clusplot(mydata, fit$cluster, color=TRUE, shade=TRUE, labels=2, lines=0)
最终的图片我无法附上,其结果类似于“http://www.statmethods.net/advstats/cluster.html”网页中最下面的图。
利用这个clusplot我的数据被分成了三类,但此三类不同于我数据中本身包含的“WT,HET,KO”三类,我浏览的这个数据包的说明,但是找不到可以根据数据分类的表示颜色的功能,所以想请教博主有没有其他的方法可以实现,如果博主知道的话,求教。
刚刚接触R,看了博主的网页,学习到了很多,在此先谢过博主。 不好意思,再次打扰。
如果你是说的clusplot的结果的话,它的每个点都可以通过col.p以及col.txt来设定颜色。尝试下面的代码:
mydata <- USArrests[1:9,]
fit <- kmeans(mydata, 3)
cols <- c(WT=”red”, HET=”blue”, KO=”orange”)
this.col <- cols[rep(c(“WT”, “HET”, “KO”), each=3)]
clusplot(mydata, fit$cluster, color=TRUE, shade=TRUE,
labels=2, lines=0, col.p=this.col)
谢谢博主的帮助~!
博主您好,能否将“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码或者R程序代码发我一下呢,最近在学习,非常感谢!
已发送,请查收。
您好,能否将“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码或者R程序代码发我一下呢,非常感谢!
已发送,请查收。
楼主您好,请问怎么使用Bioconductor分析Affymetrix的CytoScan HD 这一款SNP芯片呢?能不能麻烦您再写一篇关于这一块的文章?谢谢!
你试过rCGH这个package没有?
博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!
已发送,请查收。
博主您好,能不能发一份WGCNA使用代码给我,谢谢博主。
不好意思,我手头没有。
好的,谢谢您~
老师!能麻烦发一份《bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序》参考学习一下嘛!十分感谢!
已发送,请查收。
也希望楼主能给发一份,bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码,不甚感激!
已发送,请查收。
希望楼主能给发一份,bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码,谢谢!
已发送,请查收。
最近有一直在处理affymatrix的cel文件,基本用apt-probeset系列工具处理,不知道楼主的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”能把cel文件处理得到什么程度的结果,很好奇,期待楼主能够发份代码让我学习学习。谢谢。
APT分析和bioconductor分析的最大的不同在于一个用的是SAM算法,一个主流使用RMA算法。
密码已发送,请查收。