R/Bioconductor 229

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229 thoughts on “R/Bioconductor

  1. Reply xiaowanzi 12月 6,2014 9:19 上午

    请求’bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序 ‘该章节的密码。非常感谢~

  2. Reply Eric 12月 18,2014 6:16 下午

    博主您好,正在学习处理芯片文件,请问能将《bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件》的R程序代码发一份给我吗?我想参考一下,非常感谢。

  3. Reply Alice 12月 19,2014 2:03 上午

    bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”可否告知密码?

  4. Reply Yuan Xun 12月 20,2014 5:50 上午

    博主您好,能否将“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码或者R程序代码发我一下呢,最近在学习,非常感谢!

  5. Reply muyen 12月 30,2014 3:41 下午

    bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”可否告知密码?Thanks!!

  6. Reply washionton 1月 4,2015 3:49 上午

    博主您好,非常想学习一下您的:bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码,希望能发我一份,谢谢!

  7. Reply lingling 1月 7,2015 6:55 上午

    博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!

  8. Reply Morpheus 1月 17,2015 8:49 上午

    博主,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,诚挚的谢谢!辛苦了

  9. Reply leilei 1月 19,2015 12:18 上午

    楼主是牛人,我想问一下miRNA和lncRNA芯片分析和基因芯片分析有区别吗?尤其是lncRNA芯片,不知道应该怎么去做呢….感谢楼主,好人一生平安!

  10. Reply leilei 1月 19,2015 12:20 上午

    也希望楼主能给发一份,bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码,不甚感激!

  11. Reply grassule 1月 28,2015 8:50 上午

    你的讲座视频很好,支持楼主。同时想你能把bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序的过程用视频的方式给讲解一下,感谢

  12. Reply aber02zzl 2月 10,2015 2:54 上午

    博主你好,我购买了《R语言与Bioconductor生物信息学应用》这本书,现在正在学习芯片的分析,可以麻烦你发我一份“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的代码吗?不胜感激

  13. Reply aber02zzl 2月 10,2015 10:31 上午

    博主你好,最近买了《R语言与bioconductor生物信息学应用》一书,正在学习芯片分析,可以把“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”代码发我一份吗?多谢!

  14. Reply SUV 2月 12,2015 11:25 上午

    希望楼主能给发一份,bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码,谢谢!

  15. Reply yylin1984 2月 21,2015 7:10 上午

    欧博,您好,想前面了解一下”bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序“的相关博客内容,不知道是否可以将密码发给我一下,非常感谢。

  16. Reply chenzhnh 2月 25,2015 11:13 上午

    老师您好,我想学习一下”bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序“的相关博客内容,不知可否将密码发给我,并将代码发我一份,谢谢您了!

  17. Reply yin 3月 2,2015 8:46 下午

    博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!

  18. Reply summer 3月 14,2015 6:35 下午

    博主你好!

    小弟正在拜读你的博客,深深地感到还有许多东西需要学习。

    本人在国内读研,没有编程基础,只是因为对生物信息学比较感兴趣而决定多加学习这方面的知识,你的博客很好,如果能够增加一个捐赠页面的话,我相信会有一些人会用这种方式表达对你的感谢的。

    此外,“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”可否让小弟学习一下?

    祝你生活愉快,祝你的孩子能够健康成长!

    • Reply admin 3月 14,2015 8:18 下午

      谢谢。如果实在是想表示感谢,请多留言交流吧。捐赠的话,本人不想受打击……。密码已发送,请查收。

  19. Reply ping wei 3月 16,2015 7:20 上午

    老师您好,本人目前正在研究r语言方面的内容,非常感谢您提供了这么一个开放的平台,我目前想对“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”学习一下,能否提供密码?非常感谢。

  20. Reply pengsong 3月 17,2015 9:40 上午

    博主您好:麻烦您将这个“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”发一份给我,我正在学习芯片数据的处理~~

  21. Reply hengyou 4月 20,2015 9:05 下午

    能否也发我一份“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”,谢谢。

  22. Reply oumeiling 4月 21,2015 6:57 上午

    博主您好,不知道能不能把“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的代码给我发一下?谢谢!

  23. Reply purplerose 4月 29,2015 2:48 下午

    请求’bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序 ‘该章节的密码。非常感谢~

  24. Reply qw 5月 3,2015 11:31 下午

    博主,您好,可否给我发一下您的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”这个的密码?

  25. Reply lin 5月 10,2015 4:17 上午

    老師您好,目前正在摸索接觸 r&bioconductor,可否請問您的著作之一的〝R語言與Bioconductor 生物信息學應該〞一書中的數據集與源代碼可以在哪取得?如果不很麻煩的話,可否請您給我發一份?!感謝!!

  26. Reply lin 5月 19,2015 9:30 上午

    謝謝老師您的撥冗回覆,因敝人不在中國境內,不確定書上前言所寫的 1606qq群還能否加入; 沒關係,我會再嘗試看看,謝謝您的提醒!

  27. Reply kaji331 5月 26,2015 2:26 上午

    博主你好,我最近在练习外显子测序的后续分析,公司给我了两个结果csv,我用read.csv读入后得到两个dataframe,R3/R6,里面是Gene symbol,GeneID,start,end,chr,AF等,其中AF是各SNV的频率,现在我想比较R6和R3中共有的SNV,以及其AF频率的差异。我的思路是利用这两个dataframe转换成GRanges,然后用%over%得到共有的SNV的GRanges对象,取R3[共有的SNV的GRanges对象]和R6[共有的SNV的GRanges对象],就可以分别比较了。但是结果很遗憾R3[共有的SNV的GRanges对象]和R6[共有的SNV的GRanges对象]两个对象并不具有相同的SNV情况,不知道哪里错了……或者博主有没有什么更简单的思路,谢谢

    • Reply admin 5月 28,2015 1:49 下午

      具体思路上应该没有问题。你需要注意的是,你读入数据没有读漏,用dataframe转换成GRanges没有错误。你使用overlapsAny,如果它没有给出任何overlaps,那就是没有overlaps了。
      你最好拿已知正确答案的例子来做练习,那样意外情况会少些。

  28. Reply kaji331 5月 26,2015 2:28 上午

    另外还有一个问题就是,请问GRanges之间的%in%, %over%和intersect有什么区别呢?为什么得到的结果有差别?谢谢

    • Reply admin 5月 28,2015 1:54 下午

      我想你是不是问%over%, %within%和%outside%呢?%in%和intersect不是GRanges里面的。%over%就是overlapsAny的再包装,相当于overlapsAny(query, subject)
      %within%相当于overlapsAny(query, subject, type=”within”)
      %outside%相当于!%over%

      • Reply kaji331 5月 28,2015 11:54 下午

        非常非常感谢博主的回复,上一个问题思路对的那就好,我再琢磨琢磨:)这个问题我看了Bioconductor里GenomicRanges包的说明,确实是有intersect的,%in%只是我随手试了试而已,得出不一样的结果,所以有点搞不清楚原理。我用unique后再用%over%感觉和intersect结果比较接近,怀疑intersect实际进行了unique的操作,这也是我意料外但是也需要的。回头我再用示例做做看……我现在发现intersect的结果基本就是我要的,但是intersect后得到一个GRanges会丢掉meta信息,我就没法进行后续的分析了,请问有什么好的建议么?

  29. Reply ss 6月 2,2015 10:16 下午

    博主,可否给我发一下bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序的密码?谢谢

  30. Reply 小C 6月 5,2015 10:16 上午

    博主,可否给我发一下bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序的密码?先谢谢啦

  31. Reply utopia 6月 16,2015 3:36 上午

    博主你好,可否给我发一下bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序的密码?谢谢啦

  32. Reply alyoung 6月 17,2015 10:41 上午

    博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!

  33. Reply linovn 6月 22,2015 11:57 下午

    欧老师,希望能够查看“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”这片文章,能告知密码么?多谢。

  34. Reply xiayh 6月 27,2015 2:01 上午

    博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!同时很感谢博主丰富的教程,小辈深感受益非且。

  35. Reply doge 7月 7,2015 12:45 下午

    博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!

  36. Reply zhaijincheng 7月 24,2015 2:20 上午

    博主您好:

    请问一下ExomeDepth call CNV 代码发我一份。谢谢

  37. Reply Bioconductor小白 10月 3,2015 6:52 上午

    博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!

  38. Reply Zhangrui 10月 20,2015 10:07 上午

    您好,博主。我试着用ArabidopsisATH1-121502.CEL做表达分析时。将下载下来的文件放桌面上上了。然后在R中编辑如下语句:
    library(affy)
    Data library(affy)
    > Data Data
    错误: 找不到对象’Data’
    请问博主我的问题出在哪,为什么会找不到‘Data’

  39. Reply Zhangrui 10月 20,2015 10:08 上午

    博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码也发给我一份,谢谢!

  40. Reply Zhangrui 10月 21,2015 10:45 下午

    博主您好,我只收到了“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件的R程序代码”的密码。没有收到代码啊。能否把代码也发份给我啊。谢谢

  41. Reply forest 4月 12,2016 9:47 下午

    博主您好,我在用cluster做一个分类的图,利用clusplot能自动将数据分成的三类,但同时因为我的数据内分也可以分为WT,HET及KO三类,我如何在clusplot的图上,将我数据中的WT,HET及KO三类用不同的颜色表示出来?

    • Reply admin 4月 13,2016 10:29 上午

      你可以试试ape包。这个链接的东西很不错。

      • Reply forest 4月 14,2016 10:34 下午

        谢谢博主的回复。可能我的意思表达的不清楚。我将我的代码复制如下:
        > mydata mydata mydata wss for (i in 2:15) wss[i] plot(1:15, wss, type=”b”, xlab=”Number of Clusters”, ylab=”Within groups sum of samples”)

        > fit aggregate(mydata,by=list(fit$cluster),FUN=mean)
        > mydata library(cluster)
        > clusplot(mydata, fit$cluster, color=TRUE, shade=TRUE, labels=2, lines=0)

        最终的图片我无法附上,其结果类似于“http://www.statmethods.net/advstats/cluster.html”网页中最下面的图。
        利用这个clusplot我的数据被分成了三类,但此三类不同于我数据中本身包含的“WT,HET,KO”三类,我浏览的这个数据包的说明,但是找不到可以根据数据分类的表示颜色的功能,所以想请教博主有没有其他的方法可以实现,如果博主知道的话,求教。

        刚刚接触R,看了博主的网页,学习到了很多,在此先谢过博主。 不好意思,再次打扰。

        • Reply admin 4月 15,2016 11:52 上午

          如果你是说的clusplot的结果的话,它的每个点都可以通过col.p以及col.txt来设定颜色。尝试下面的代码:
          mydata <- USArrests[1:9,]
          fit <- kmeans(mydata, 3)
          cols <- c(WT=”red”, HET=”blue”, KO=”orange”)
          this.col <- cols[rep(c(“WT”, “HET”, “KO”), each=3)]
          clusplot(mydata, fit$cluster, color=TRUE, shade=TRUE,
          labels=2, lines=0, col.p=this.col)

  42. Reply 阳光 5月 10,2016 4:31 上午

    博主您好,能否将“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码或者R程序代码发我一下呢,最近在学习,非常感谢!

  43. Reply yantd 5月 18,2016 8:34 上午

    您好,能否将“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码或者R程序代码发我一下呢,非常感谢!

  44. Reply Liangcai 5月 29,2016 10:08 下午

    楼主您好,请问怎么使用Bioconductor分析Affymetrix的CytoScan HD 这一款SNP芯片呢?能不能麻烦您再写一篇关于这一块的文章?谢谢!

  45. Reply 贺贺 6月 2,2016 10:23 上午

    博主您好,能否将您的bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发给我一份,谢谢!

  46. Reply 贺贺 6月 3,2016 10:41 上午

    博主您好,能不能发一份WGCNA使用代码给我,谢谢博主。

  47. Reply Nan Hu 8月 1,2016 3:00 下午

    老师!能麻烦发一份《bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序》参考学习一下嘛!十分感谢!

  48. Reply 刘文武 8月 4,2016 10:13 上午

    也希望楼主能给发一份,bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码,不甚感激!

  49. Reply xiao5 8月 8,2016 4:14 上午

    希望楼主能给发一份,bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码,谢谢!

  50. Reply Baifeng 8月 24,2016 4:18 上午

    最近有一直在处理affymatrix的cel文件,基本用apt-probeset系列工具处理,不知道楼主的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”能把cel文件处理得到什么程度的结果,很好奇,期待楼主能够发份代码让我学习学习。谢谢。

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