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232 thoughts on “R/Bioconductor

  1. 您好,我自己已经学习过microarray 的数据处理,但是觉得很浅,所以想看下您的microarray处理的code,不知道可不可以?谢谢

  2. I need to do some microarray anaylsis, can I have the password to “bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”? Thanks a lot!
    my email: ayumijimmy@126.com
    Sorry there is a mistake in my email address

  3. 麻烦博主将这个“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”发一份给我,十分感谢。。。
    PS:已点广告。。。哈哈哈。。。

  4. 您好,我想拜读下您的大作bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”
    可否告知密码?
    [email was removed by admin]

  5. 您好,请问您知道怎么用R把.cel的snp数据处理成可以读出来不是乱码的数据吗?求代码~~

  6. 楼主你好,怎么联系你, 我原来学电子信息的,现在在生物系做数据分析,所以我对数据的处理用C语言完成,现在出来了相关性数据,要显示热度图,在调显示颜色,这个显示颜色貌似不太好调,以后能邮件请教你问题吗,如果能QQ就更好了,我QQ:78二96二46,谢谢!

  7. 楼主你好,我用C语言完成了数据分析部分的工作,现在出来了相关性数据,要显示热度图,在调显示颜色,热度图的颜色貌似不太好调,以后能邮件请教你问题吗,如果能QQ就更好了,我QQ:78二96二46,谢谢!

  8. 正在学习bioconductor,博主的内容太好了,请发一下“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”的密码,谢谢

  9. 学到了非常多的知识和技巧,谢谢慷慨分享精神。
    另求“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”密码,多谢!

  10. 有个一个问题貌似很小,但是一直没有找到答案,就是画NUSE啊,RLE啊,RMA啊之类的boxplot时怎么实现分组颜色啊?就是比如同一个组织或者同一种处理用相同的颜色,其他用不同的。boxplot好像没有默认的group方法~

    1. 这个需要你自己设置。其实很简单,比如你的样品有c(sample1, sample2, sample3, sample4),其分组情况为c(group1, group1, group2, group2),你将分组情况转换成一个factor即可。代码:
      gp <- factor(c("group1", "group1", "group2", "group2"), labels=c("red", "blue")) col <- as.character(gp) col [1] "red" "red" "blue" "blue"

      1. 呃,多谢~其实就是不想这样弄,不智能,有时候cel文件并不是按组别顺序拍好的,可能是乱序,所以才想要是能自动group就最好了,AffyBatch里面的cel文件们可以重新按要求排序么?

        1. 当然可以,你试试:
          library(affydata)
          data(Dilution)
          sampleNames(Dilution)
          ##[1] “20A” “20B” “10A” “10B”
          Dilution <- Dilution[,c("10A", "10B", "20A", "20B")] sampleNames(Dilution) ##[1] "10A" "10B" "20A" "20B"

  11. 在搂主这儿学到许多东西,非常感谢楼主,求一个急求“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”密码,谢谢楼主。email:chaonan1989@gmail.com
    再请教楼主,如果对芯片数据进行注释的时候,并没有找到该物种全面的注释文件,是不是应该自己制作呢,如何制作呢,谢谢

  12. 楼主好厉害,我是刚开始学习芯片分析的,求“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”密码,谢谢您了!如果还有推荐教材就更好了 谢谢!

  13. 学到了非常多的知识和技巧,非常感谢楼主,求“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”密码,非常感谢。邮箱haijunlin@163.com。

  14. 想拜读bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”可否告知密码?麻烦楼主了
    邮箱:441605661@qq.com

  15. 楼主大牛人:
    我有几个关于GEO数据库分析的问题想请教您。问题都很弱智,还请不吝赐教!
    Q1:在GEO中查找到特定dataset, 如GSE20174,我们可以看到SOFT,MiNiML, TXT三种family的数据类型,以及TAR,TXT两种supplementary file。我如果想分析经过QC校正、annotation过后的数据(最省力的那种),应该下载哪一个呢?我尝试过用GSOquery下载,但是每次都失败。。。
    Q2:如果我想将两个及以上的GSE数据的DEG做个meta/combine分析,你采用什么软件包/算法实现呢?
    Q3:你应该有GEO数据从下载到分析的R程序吧,能否发我一份?
    非常非常感谢!

  16. 博主您好,能否将本专题中的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发我一份呢,研究需要。谢谢

  17. 博主,你好。最近正在根据你的博文学习R和bioconductor,可以将“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发我一份呢?在此谢过先。

  18. 你好,博主!
    我在一个存做湿实验的lab, 导师以前测的一些芯片数据让我尽快分析好。博主可以把“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”的密码告诉我吗? 先谢谢了!

    看了你的博客让我节省了不少自己摸索的时间。谢谢!

  19. 博主您好,看了你的博客学习了很多,能否将本专题中的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的密码发给我呢?想学习一下,多谢。

  20. 很想学习bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”
    可以告知密码?
    谢谢您啦!

  21. 老大您辛苦了,能否将本专题中的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发我一份呢,谢谢!

  22. 博主,你好,很高兴看到这个blog无私与大家作学术交流,我作为初学者,收益匪浅,对我以后的R学习帮助很大。
    我也想学习bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序,所以恳请博主发个密码。
    另,以后我可能有很多菜鸟的问题想博主请教,希望博主不要嫌烦,呵呵。
    祝好!

  23. 博主您好,能否将本专题中的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发我一份呢,非常感谢!

  24. 博主您好,能否将本专题中的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发我一份呢,非常感谢!

  25. 欧博您好,能否将本专题中的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发我一份呢,谢谢欧老师了,嘿嘿!

  26. 博主您好,能否将本专题中的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码或者密码发我一份呢,非常感谢!

  27. 您好,正在学习处理芯片文件,请问能将【bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件】的R程序代码发一份给我吗?我想参考一下,非常感谢。

  28. 老师您好,能将将本专题中的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发我一份吗,谢谢老师

  29. 博主您好,正在学习处理芯片文件,请问能将【bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件】的R程序代码发一份给我吗?我想参考一下,非常感谢。
    谢谢您的帮助

  30. 老师,您好!我也需要“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”的代码,麻烦您发给我了,多谢!

  31. 博主您好,能否将本专题中的“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件”的R程序代码发我一份,菜鸟,想把走了的师兄师姐的数据处理下麻烦了.

  32. 老师,您好!我也想学习“bioconductor全自动处理基因芯片CEL文件R程序”的代码,能否发给我?多谢!

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