tophat library type 应该怎么设置

当我们拿到一个测序结果,实验人员也搞不清楚他的结果的library type怎么运行tophat呢?

依照手册,你可以先访问实验人员,他使用的是什么样的测序手段,是用的illumina还是SOLiD。如果是SOLiD,多半是second strand. 如果是illumina,可能还是分辨一下,主要是分辨unstraned还是firststrand.

这可能需要分三步走:

1 r[……]

继续阅读

markdownR plugin for wordpress

在rmd文件中自动改变图片的长度或者宽度

最近不太会起标题了,总是起的很长。

问题:当我们在写Rmd文件时,有时候会在一个loop循环里,或者各种apply程序中绘图,但是要求图片的高度和宽度自适应,也就是说依照数据的大小来由程序自动改变图片的长度或者宽度。扩展起来,就是改变任何一个chunk option选项.

我参考了几个网上的贴子,终于试出了自己的答案,下面是贴子的链接:
knitr: Changing chunk o[……]

继续阅读

使用Biostrings的PDict搜索一系列小片段

今天遇到一个小问题,在给定的一些序列中,搜索CRISPR Toolbox中GeCKO library中已有的guideRNA。这正好符合PDict的要求,PDict要求所有的片段长度必须一致,而guide sequence的长度正好都是20。

代码如下:

> library(Biostrings)
> seq  seq
 [1] "1-F_A01_015_2015-03-06.seq"[......]

如何使用biomaRt做hg19注释

因为现在ensembl已经更新了human的注释库,所以当你直接使用

library("biomaRt")
database[......]<p class="read-more"><a href="http://qiubio.com/archives/3854">继续阅读</a></p>

R/Bioconductor开发中import和depend的区别

import:将命名空间载入

depends:将命名空间载入,并且放入搜索目录。

两者在使用上的区别是:import只载入对开发者有用的,而depends需要载入对用户有用的。比如说GenomicRanges,
如果你开发的包使用到了GRanges类,并且它会成为结果返回给用户,那么你就必须使用depends了,如果你只是用了GenomicRanges中的类或者函数,比如说GRang[……]

继续阅读