magrittr – Ceci n’est pas un pipe.

Read more

R中的pipelining(chaining)概念

Read more

tophat library type 应该怎么设置

当我们拿到一个测序结果,实验人员也搞不清楚他的结果的library type怎么运行tophat呢?

依照手册,你可以先访问实验人员,他使用的是什么样的测序手段,是用的illumina还是SOLiD。如果是SOLiD,多半是second strand. 如果是illumina,可能还是分辨一下,主要是分辨unstraned还是firststrand.

这可能需要分三步走:

1 r[……]

Read more

markdownR plugin for wordpress

Read more

在rmd文件中自动改变图片的长度或者宽度

最近不太会起标题了,总是起的很长。

问题:当我们在写Rmd文件时,有时候会在一个loop循环里,或者各种apply程序中绘图,但是要求图片的高度和宽度自适应,也就是说依照数据的大小来由程序自动改变图片的长度或者宽度。扩展起来,就是改变任何一个chunk option选项.

我参考了几个网上的贴子,终于试出了自己的答案,下面是贴子的链接:
knitr: Changing chunk o[……]

Read more