短序比对工具简介bowtie vs BWA vs Subread vs SOAP vs NovoAlign 10

短序比对工具简介bowtie vs BWA vs Subread vs SOAP vs NovoAlign
有趣的是,大部分的short read比对工具都是由中国人写出来的。因此可以说华大基因(BGI, Beijin ...

使用pathview图形化显示KEGG富集结果 12

使用pathview图形化显示KEGG富集结果
pathview是一个新推出的Bioconductor软件包,可以用于图形化显示KEGG富集分析的结果。 这里 ...

使用RStudio结合devtools开发bioconductor扩展包

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在之前的博文如何创建一个R扩展包, 以及R扩展包的写作规范对如何写R扩展包有了初步的介绍。但是当我们需要开发大 ...

使用xps分析affymetrix genechip

在之前的博文《使用xps和oligo分析Affymetrix Exon/Gene ST Arrays》中有介绍 ...

R中如何读取大数据 3

这个是一个复杂的问题。但是本文只是给出一点点小经验。 假设我们有一个大文件需要读入R,但是我们不太确定文件是什 ...

在选择性剪接事件描述中的外显子序数是如何得来的?How are exons numbered when people describe alternative splicing events

我们在文章中经常看到某一个外显子被选择性剪接掉了时它所使用的描述并不是外显子的位置或者其它,而是一个数字,比如 ...

使用R图形化显示不同组数据之间的相互关系 Graphically analyzing variable interactions in R 2

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假设我们有多组数据,需要两两比较它们之间的相关性,并使用图形将它们显示出来。 这个问题可以分为几种情况,第一, ...

bioconductor基础IRanges/GenomicRanges

随着next-generation-sequence技术的不断完善,bioconductor的开发重心也由mi ...

如何在Mac OS X下打开多个R GUI

在terminal中运行: open -n /Applications/R.app 就可以打开一个GUI,运行 ...

升级完R后如何快速安装所有安装过的包 2

R3.0已经发布了。很多人在升级前最担心的是安装了很多包,每次大版本升级都需要一个一个全新安装一遍,很是折磨人 ...