edgeR案例学习:deepSAGE分析 6

edgeR案例学习:deepSAGE分析
接到学习任务,要求搞清楚两个R包,edgeR和REDseq。这一篇就主要讲述edgeR中的案例之一,对应edg ...

序列比对那点事儿 12

序列比对那点事儿
本来这应该是一本书,那样的话的确需要花一点心思,就写成一篇短文吧。 从字符比对开始说起吧。第一个问题最简单,如 ...

R中的富集分析(一)--关于代谢途径(metabolic pathway)数据库

R中的富集分析(一)--关于代谢途径(metabolic pathway)数据库
给定一些基因,从中找出联系,并能很好的显示给人们看,是一个生物信息学中非常常见的问题。其中pathway分析与 ...

使用R进行Gene Ontology(GO)富集分析过程中如何导出某一特定GO词条下所有的基因 11

我们在进行GO分析时,时常需要得到某一特定的GO term下所有涉及到的基因,但是R当中并没有明确的工具。下面 ...

R绘图基础(五)文氏图vennDiagram 6

R绘图基础(五)文氏图vennDiagram
文氏图是一种非常常用的图示手段,主要用于显示组与组之间重叠的程度。 R当中可以画文氏图的包有好几个,使用起来各 ...

Circos系列教程(四)连线 links 4

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这一节的目标是画出下面的图 所谓连线,就是连接染色体组两个不同位置的线。这是circos的最主要目的及用途之一 ...

Circos系列教程(三)突出标记Highlight 6

Circos系列教程(三)突出标记Highlight
这一节的目标是画出下面的图 所谓突出标记,或者说亮显强调,多是通过大的反差明显或者符合色彩心理学的色块来将数据 ...

R数据分析当中的化整为零(Split-Apply-Combine)策略 2

本文心得自:The Split-Apply-Combine Strategy for Data Analysi ...

Circos系列教程(二)染色体示意图ideograms 30

Circos系列教程(二)染色体示意图ideograms
本节的目标就是画出如下的图 基础:circos作业流程 定义: The symbolic representa ...

Circos系列教程(一)安装 23

引子 闲来无事,翻看CELL杂志,发现很多基因组的图都使用circos来作图,于是就去circos.ca网上看 ...