使用R图形化显示不同组数据之间的相互关系 Graphically analyzing variable interactions in R 2

使用R图形化显示不同组数据之间的相互关系 Graphically analyzing variable interactions in R
假设我们有多组数据,需要两两比较它们之间的相关性,并使用图形将它们显示出来。 这个问题可以分为几种情况,第一, ...

升级完R后如何快速安装所有安装过的包 2

R3.0已经发布了。很多人在升级前最担心的是安装了很多包,每次大版本升级都需要一个一个全新安装一遍,很是折磨人 ...

如何计算cuffdiff中的FPKM值 65

FPKM, 是expected number of fragments per kilobase of tra ...

使用Bioconductor画染色体示意图ideograms 13

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之前介绍过如何使用circos来画染色体示意图ideograms。那么,在bioconductor中是否可以实 ...

NGS分析入门:在基因组浏览器中图型化显示结果 1

图型化显示NGS结果不但是分析的需要,在很多文章的发表中也会用于部分结果的重点展示。 最为顶顶大牛的就是UCS ...

NGS分析入门:操作SAM/BAM文件 40

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是 ...

NGS分析入门:mapping reads到基因组 61

NGS分析入门:mapping reads到基因组
首先,我们需要明确一条,那就是是否有reference genome(参考基因组)。如果没有,那么你应该使用的 ...

NGS分析入门:fastq文件的处理 56

拿到fastq文件的第一步是进行备份。使用gzip以及md5将文件压缩备份,并将其md5信息及实验信息写在re ...

NGS分析入门:测序原始数据操作 10

我们在完成了测序之后的第一步工具就是把测序的结果拷贝到指定的地方去,有很多种方法,比如: 使用scp命令进行拷 ...

NGS分析入门:设置运行环境 12

首先的问题的是,我们需要什么样的计算机。 关于硬件, 需要至少4G内存,最好可以达到16G以上内存; 至少50 ...