生物信息学生R入门教程–R编程 3

本教程版权为《糗世界》所有,任何组织或个人不得未经书面许可转载。 在阅读本节前请自测,如果全部都知道正确答案, ...

GO/KEGG富集分析enrichment analysis 92

本教程使用GOstats来对给定的基因symbols做富集分析。 > library(" ...

如何使用bioconductor做liftover 2

当我们有不同版本的bed文件,比如说有的bed文件map到hg18, 有的bed文件map到hg19,或者对于 ...

使用Bioconductor下载GEO(Gene Expression Omnibus)上的数据 57

本文以GSE46106数据为例,讲述如何从GEO上下载数据。分为两个方面,第一,直接从GEO上下载表达数据,第 ...

如何在R中使用超几何分布计算p-value 2

问题,假设有两组ChIP-seq的数据A和B,我想知道它们之间是否相关。A组一共有50个数据,B组一共有60个 ...

如何让R自动保存历史记录(auto save R history before crash)

也许第一眼看到这个题目,您可能并不认为这是一个问题,因为大家都知道,R会自动在当前工作目录保存名为.Rhist ...

如何获取R中代码的运行效率

对于如何测试R代码的运行效率,首先可能想到的就是proc.time()以及system.time()了。 我们 ...

RNA-seq差异表达分析工作流程 333

RNA-seq差异表达分析工作流程
之前写过博文《从RNA-seq结果到差异表达》给出了一些关于RNA-seq分析的描述,这篇博文的目的是给出一个 ...

使用BiomaRt获得在线注释信息 17

使用BiomaRt获得在线注释信息
完整的生物信息学分析步骤往往会包含注释工作。在Bioconductor中,最方便的办法是使用注释包。注释资源除 ...

使用RStudio结合devtools开发bioconductor扩展包

使用RStudio结合devtools开发bioconductor扩展包
在之前的博文如何创建一个R扩展包, 以及R扩展包的写作规范对如何写R扩展包有了初步的介绍。但是当我们需要开发大 ...