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在阅读本节前请自测，如果全部都知道正确答案，则可跳过本节。
- 常用函数是否全部掌握（见下表）？
- 请编写一个函数并达到自己的设计要求。
- 为什么R应该尽量避免for循环？
- 什么是引用类(refference class)
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以学习笔记为主
GO/KEGG富集分析enrichment analysis
本教程使用GOstats来对给定的基因symbols做富集分析。
> library("org.Hs.eg.db") > library("GSEABase") > library("GOstats") > genes ##GO BP enrichment analysis > goAnn universe head(universe) [1] "1" "10"[......] |
如何使用bioconductor做liftover
当我们有不同版本的bed文件，比如说有的bed文件map到hg18, 有的bed文件map到hg19，或者对于小鼠来说有些文件map到mm9,有些文件map到mm10。我们如何实现对比对到不同基因组版本的数据进行比较呢？在比较之前，第一个步骤就是将不同的版本的比对文件统一至一个版本，这就需要使用到UCSC提供的liftOver工具。其可执行工具在：http://hgdownload.cse.ucs[……]
使用Bioconductor下载GEO（Gene Expression Omnibus）上的数据
本文以GSE46106数据为例，讲述如何从GEO上下载数据。分为两个方面，第一，直接从GEO上下载表达数据，第二，直接从GEO上下载CEL文件。
首先我们来看第一种。
> library(GEOquery) > gset length(gset) [1] 1 > gset head(pData(gset)[,1:5]) > # load NCBI platform annotati[......] |
如何在R中使用超几何分布计算p-value
问题，假设有两组ChIP-seq的数据A和B，我想知道它们之间是否相关。A组一共有50个数据，B组一共有60个数据，它们之间重叠的数据有30个，总计的binding位点如果是200个，那么如果它们相关的p-value如何计算呢？这个问题其实就是转变成抽到重叠数比30或者比30大的可能性是多大。所以我们需要计算抽到重叠数为29的可能性，然后用1减去它就可以了。
公式：p.value = phype[……]
如何让R自动保存历史记录（auto save R history before crash）
也许第一眼看到这个题目，您可能并不认为这是一个问题，因为大家都知道，R会自动在当前工作目录保存名为.Rhistory或者.Rapp.history的文件。这个文件中就是R自动保存的历史记录。但是这种自动保存的历史记录有两个缺点，第一，它只在正常退出的时候保存；第二，它有行数限制。
我提出的这个问题，其实是因为我经常遇到R崩溃的情况，或者R无限耗用内存的情况。在这些情况下，R无法正常退出，也就[……]
如何获取R中代码的运行效率
对于如何测试R代码的运行效率，首先可能想到的就是proc.time()以及system.time()了。
我们来看代码：
> ptm for (i in 1:50) mad(stats::runif(500)) > proc.time() - ptm user system elapsed 0.022 0.002 0.038 > system.time(fo[......]<p class="read-more"><a href="http://qiubio.com/archives/3363">继续阅读</a></p> |
RNA-seq差异表达分析工作流程
之前写过博文《从RNA-seq结果到差异表达》给出了一些关于RNA-seq分析的描述，这篇博文的目的是给出一个示例性质的工作流程。
需要使用到的工具：
TopHat
Cufflinks
Samtools
参考：http://vallandingham.me/RNA_seq_differential_expression.html
首先安装的tophat需要事先安装好bowt[……]
使用BiomaRt获得在线注释信息
完整的生物信息学分析步骤往往会包含注释工作。在Bioconductor中，最方便的办法是使用注释包。注释资源除了以包的形式进行封装外，还可以通过诸如BiomaRt等工具获取在线的注释数据。使用在线资源为我们提供了更加及时以及丰富的注释资源。那么，什么是BiomaRt呢？如何理解和使用BiomaRt呢？
为了更好的理解和掌握biomaRt，我们可以先通过在线资源来了解一下它的原型biomart[……]
使用RStudio结合devtools开发bioconductor扩展包
在之前的博文如何创建一个R扩展包， 以及R扩展包的写作规范对如何写R扩展包有了初步的介绍。但是当我们需要开发大型的扩展包的时候，完全依靠之前的介绍会让人觉得有些力不从心。并且在扩展包提交给bioconductor之后的2次或者3次开发也并不是那么容易。为此，本文进一步介绍如何使用RStudio结合devtools来开发及维护bioconductor扩展包。
事前依照之前的博文准备好hello[……]