当我们进入大数据时代之后，并行运算就十分重要了。什么是大数据呢？引用一句流行语吧：
Big data is hype. Everybody talks about big data; nobody knows exactly what it is.
对于生物学来说，大数据对应的应该是第二代测序技术的兴起。所以我们谈到并行运算，主要是为了处理测序数据。在R中，有许多并行运算的包，Hi[……]
标签：服务器
服务器管理心得
解压缩大的tgz或者zip文件unzip big tgz file
could try
gzip -cd sequence.tgz > seq.txt or tar -xzf sequence.tgz |
无root权限简易安装python包ez_setup python package
首先去http://peak.telecommunity.com/dist/下载两个文件，virtual-python.py和ez_setup.py
然后运行
python virtual-python.py --prefix=~ |
完成之后就可以使用ez_setup.py来安装python包至local用户了。
比如需要安装miso,
c8a69953ac5d739cdb35925e[……]
如何在CentOS6下安装R（how to install R in CentOS6.2）
首先安装一个源，EPEL（Extra Packages for Enterprise Linux），这个是杜克大学的爱好者们在维护的一个fedora安装源。其中就有R。我们找到自己需要的版本安装就可以了，比如我用的就是6/x86_64
rpm -Uvh http://archive.linux.duke.edu/pub/epel//6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm yum install R |
qsub同一目录下所有的任务
for file in *.qsub; do qsub $file; done |
无root权限时安装perl模块
经常写一些perl程序，放到cluster服务器上就没办法运行，因为它需要root权限安装一些模块(modules)，而显然我是不可能拥有root权限的。怎么办呢？幸运的是，有一个模块叫做local::lib，可以完全绕过root权限。
local::lib简介
local::lib是一个可以让你将perl模块安装在用户HOME目录下的perl模块。无需root权限。当然别人是无法使用你自[……]
centOS php error log
服务器错误文件的位置。
$ sudo tail -f /var/log/httpd/error_log
$ sudo grep something /var/log/httpd/error_log
$ sudo vi /var/log/httpd/error_log
MZK-NAS02上构架轻小型网站服务器(lighttpd, mysqld, php-mysql)
首先升级到最新的firmware,这一步是为了可以使用ssh登录。如果你是第一次登录的话，密码是空的。
qiuworld$ ssh root@192.168.2.2
root@192.168.2.2's password:
Last login: Thu Jan 1 10:08:45 1970 from 192.168.2.3
Linux (none) 2.6.10_mvl401_AG_NAS_3.1.1.exported #1 Thu Sep 6 11:57:38 JST 2007 armv5tejl GNU/Linux
Welcome to MontaVista(R) Linux(R) Professional Edition 4.0.1 (0502020).
root@(none):~# |
系统时间非常不正确。
root@(none):~# date --set "Wed Jan 18 23:21:21 JST 2012" Wed Jan 18 23:21:21 JST 2012 |
安装funplug，funplug的作用是安装编译好的软件。因为NAS一般都不带有编译环境，所以使用编译好[……]
No irq handler for vector
在安装了CentOS6.2之后，遇到了传说中的
kernel:do_IRQ: 3.189 No irq handler for vector (irq -1)
错误。其中3.189不一定，可能是0.189, 1.89, 2.189 …。这里，189是IRQ中断号，而前面的数字，我推测，应该是CPU号。
在网上查了无数资料，大多数人给出的答案是修改boot文件参数，加上pci=noms[……]
apache server停止响应了应该怎么办？
写了一个php页，但是总是运行到一半的时候停止响应，页面停留在上一页上。
第一步，先ping服务器，看服务器是否死机或者脱网。ping IP.如果并非物理性脱网，服务器可能受到了DDoS攻击。
第二步，如果服务器没有脱网，登录服务器，ssh xxx@xxx.com。如果远程登录不了，就超出了本文的范围。如果可以登录，需要留看内存，cpu占用情况。
c8a69953ac5d739cdb[……]