Bioconductor并行(parallel)运算

当我们进入大数据时代之后,并行运算就十分重要了。什么是大数据呢?引用一句流行语吧:

Big data is hype. Everybody talks about big data; nobody knows exactly what it is.

对于生物学来说,大数据对应的应该是第二代测序技术的兴起。所以我们谈到并行运算,主要是为了处理测序数据。在R中,有许多并行运算的包,Hi[……]

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如何在CentOS6下安装R(how to install R in CentOS6.2)

首先安装一个源,EPEL(Extra Packages for Enterprise Linux),这个是杜克大学的爱好者们在维护的一个fedora安装源。其中就有R。我们找到自己需要的版本安装就可以了,比如我用的就是6/x86_64

rpm -Uvh http://archive.linux.duke.edu/pub/epel//6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm
yum install R

无root权限时安装perl模块

经常写一些perl程序,放到cluster服务器上就没办法运行,因为它需要root权限安装一些模块(modules),而显然我是不可能拥有root权限的。怎么办呢?幸运的是,有一个模块叫做local::lib,可以完全绕过root权限。

local::lib简介
local::lib是一个可以让你将perl模块安装在用户HOME目录下的perl模块。无需root权限。当然别人是无法使用你自[……]

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MZK-NAS02上构架轻小型网站服务器(lighttpd, mysqld, php-mysql)

首先升级到最新的firmware,这一步是为了可以使用ssh登录。如果你是第一次登录的话,密码是空的。

qiuworld$ ssh root@192.168.2.2
root@192.168.2.2's password: 
Last login: Thu Jan  1 10:08:45 1970 from 192.168.2.3
Linux (none) 2.6.10_mvl401_AG_NAS_3.1.1.exported #1 Thu Sep 6 11:57:38 JST 2007 armv5tejl GNU/Linux
 
Welcome to MontaVista(R) Linux(R) Professional Edition 4.0.1 (0502020).
 
 
root@(none):~#

系统时间非常不正确。

root@(none):~# date --set "Wed Jan 18 23:21:21 JST 2012"
Wed Jan 18 23:21:21 JST 2012

安装funplug,funplug的作用是安装编译好的软件。因为NAS一般都不带有编译环境,所以使用编译好[……]

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No irq handler for vector

在安装了CentOS6.2之后,遇到了传说中的
kernel:do_IRQ: 3.189 No irq handler for vector (irq -1)
错误。其中3.189不一定,可能是0.189, 1.89, 2.189 …。这里,189是IRQ中断号,而前面的数字,我推测,应该是CPU号。

在网上查了无数资料,大多数人给出的答案是修改boot文件参数,加上pci=noms[……]

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apache server停止响应了应该怎么办?

写了一个php页,但是总是运行到一半的时候停止响应,页面停留在上一页上。

第一步,先ping服务器,看服务器是否死机或者脱网。ping IP.如果并非物理性脱网,服务器可能受到了DDoS攻击。

第二步,如果服务器没有脱网,登录服务器,ssh xxx@xxx.com。如果远程登录不了,就超出了本文的范围。如果可以登录,需要留看内存,cpu占用情况。

c8a69953ac5d739cdb[……]

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