如何使用biomaRt做hg19注释

因为现在ensembl已经更新了human的注释库,所以当你直接使用 library("bi ...

R/Bioconductor开发中import和depend的区别

import:将命名空间载入 depends:将命名空间载入,并且放入搜索目录。 两者在使用上的区别是:imp ...

如何得到exon numbering 2

如何得到exon numbering
以前,NCBI的genomic browser中是可以得到一个所谓的exon number的。其规则为同一个基 ...

使用R绘制带比例的饼图 Pie Chart with Annotated Percentages 1

使用R绘制带比例的饼图 Pie Chart with Annotated Percentages
pie1 <- function (x, labels = names(x), ...

使用Rcurl提交表单 2

有时候需要向在线工具批量提交申请。手动操作非常繁琐,使用curl工具提交会非常方便。 Rcurl已经整合好了相 ...

使用R按照指定宽度计算覆盖率(calculate coverage by bins)

如何使用R来按照bin(比如说每200碱基宽)来计数覆盖度并生成一个bedgraph文件呢? 这个其实就是所谓 ...

R的内存管理 6

当大数据量到来的时候,使用R分析会显得力不从心,最主要的问题在于内存。因为在大多数情况下,R需要将数据全部读入 ...

使用TranscriptDb获取所有的exons以及introns 2

> library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene) ...

R为什么认为它们不相等 3

R为什么认为它们不相等
在最近的编程过程中遇到一个小问题: > floor(29/50*50) [1&# ...

Bioconductor并行(parallel)运算

Bioconductor并行(parallel)运算
当我们进入大数据时代之后,并行运算就十分重要了。什么是大数据呢?引用一句流行语吧: Big data is h ...