如何统计BAM文件中的reads数 11

当完成测序的比对工作之后,我们得到了bam/sam文件。那么,如何得到reads的统计数据呢? 这有很多途径: ...

使用Bioconductor下载GEO(Gene Expression Omnibus)上的数据 57

本文以GSE46106数据为例,讲述如何从GEO上下载数据。分为两个方面,第一,直接从GEO上下载表达数据,第 ...

Bioconductor并行(parallel)运算

Bioconductor并行(parallel)运算
当我们进入大数据时代之后,并行运算就十分重要了。什么是大数据呢?引用一句流行语吧: Big data is h ...

使用RStudio维护bioconductor软件包

使用RStudio维护bioconductor软件包
在使用RStudio之前,需要安装好subversion 下面是安装的list Windows: SilkSV ...

使用pd.genomewidesnp.6为GenomeWideSNP_6做注释

代码如下: > head(dat) Composite.Element.REF Call ...

如何在R中使用超几何分布计算p-value 2

问题,假设有两组ChIP-seq的数据A和B,我想知道它们之间是否相关。A组一共有50个数据,B组一共有60个 ...

使用Excel对于生物信息学的潜在错误 1

使用Excel对于生物信息学的潜在错误
源:Mistaken Identifiers: Gene name errors can be introdu ...

升级Bioconductor至2.13 1

Bioconductor已经升级至2.13了,我们如何升级自己的bioconductor呢? 首先最好是先升级 ...

在R中为for loop, apply loop增加进度条(progress bar) 2

参考:http://ryouready.wordpress.com/2009/03/16/r-monitor- ...

RNA-seq差异表达分析工作流程 333

RNA-seq差异表达分析工作流程
之前写过博文《从RNA-seq结果到差异表达》给出了一些关于RNA-seq分析的描述,这篇博文的目的是给出一个 ...