标签：生物信息学
各类生物软件应用心得
magrittr – Ceci n’est pas un pipe.
关于GenomicRanges::GRanges的几点
tophat library type 应该怎么设置
当我们拿到一个测序结果，实验人员也搞不清楚他的结果的library type怎么运行tophat呢？
依照手册，你可以先访问实验人员，他使用的是什么样的测序手段，是用的illumina还是SOLiD。如果是SOLiD，多半是second strand. 如果是illumina，可能还是分辨一下，主要是分辨unstraned还是firststrand.
这可能需要分三步走：
1 r[……]
ChIP-Seq 数据分析
如何使用R将DAVID功能分析中的function annotation cluster结果2D图合并显示
标题太长了，我实在是无奈：）
首先是数据生成，先去DAVID网站Start Analysis 下点选Demolist1.
然后点击function annotation cluster，跳出下图的窗口。
点击右侧的Download File按钮。
或者您可以直接从本站DAVID.output。
而后打开R
> setwd("~/Downloads/qiuworld[......] |
使用Biostrings的PDict搜索一系列小片段
今天遇到一个小问题，在给定的一些序列中，搜索CRISPR Toolbox中GeCKO library中已有的guideRNA。这正好符合PDict的要求，PDict要求所有的片段长度必须一致，而guide sequence的长度正好都是20。
代码如下：
> library(Biostrings) > seq seq [1] "1-F_A01_015_2015-03-06.seq"[......] |
如何使用biomaRt做hg19注释
因为现在ensembl已经更新了human的注释库，所以当你直接使用
library("biomaRt") database[......]<p class="read-more"><a href="http://qiubio.com/archives/3854">继续阅读</a></p> |
R/Bioconductor开发中import和depend的区别
import:将命名空间载入
depends:将命名空间载入，并且放入搜索目录。
两者在使用上的区别是：import只载入对开发者有用的，而depends需要载入对用户有用的。比如说GenomicRanges，
如果你开发的包使用到了GRanges类，并且它会成为结果返回给用户，那么你就必须使用depends了，如果你只是用了GenomicRanges中的类或者函数，比如说GRang[……]
bioconductor开发指导
youtube上的，所以，需要翻墙。全英文…[……]