标签：生物信息学

各类生物软件应用心得

magrittr – Ceci n’est pas un pipe.

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tophat library type 应该怎么设置

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当我们拿到一个测序结果，实验人员也搞不清楚他的结果的library type怎么运行tophat呢？

依照手册，你可以先访问实验人员，他使用的是什么样的测序手段，是用的illumina还是SOLiD。如果是SOLiD，多半是second strand. 如果是illumina，可能还是分辨一下，主要是分辨unstraned还是firststrand.

这可能需要分三步走：

1 r[……]

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使用Biostrings的PDict搜索一系列小片段

~ admin ~ 4 Comments

今天遇到一个小问题，在给定的一些序列中，搜索CRISPR Toolbox中GeCKO library中已有的guideRNA。这正好符合PDict的要求，PDict要求所有的片段长度必须一致，而guide sequence的长度正好都是20。

代码如下：

> library(Biostrings)
> seq  seq
 [1] "1-F_A01_015_2015-03-06.seq"[......]

如何使用biomaRt做hg19注释

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因为现在ensembl已经更新了human的注释库，所以当你直接使用

library("biomaRt")
database[......]<p class="read-more"><a href="http://qiubio.com/archives/3854">继续阅读</a></p>

R/Bioconductor开发中import和depend的区别

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import:将命名空间载入

depends:将命名空间载入，并且放入搜索目录。

两者在使用上的区别是：import只载入对开发者有用的，而depends需要载入对用户有用的。比如说GenomicRanges，
如果你开发的包使用到了GRanges类，并且它会成为结果返回给用户，那么你就必须使用depends了，如果你只是用了GenomicRanges中的类或者函数，比如说GRang[……]

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