构建miso annotation

step1. 安装软件rnaseqlib.

pip install –upgrade pip
pip install git+https://github.com/yarden/rnaseqlib.git
pip install gffutils

step2. 从UCSC下载ensGene.txt, knownGene.txt, refGene.txt到一个目录中,比如http:[……]

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Rsamtools基础知识问答

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变更Rcpp的compiler

有时候我们在安装c++的R包时需要使用g++。但是有时候系统自带的g++版本太低,你自己安装一其它的高版本的gcc库,可是R安装时不认。这个时候,需要在你的user目录下建立一个新的文件,按照下面的操作来改变R安装包时使用的默认g++编译器。

mkdir ~/.R
cat <<EOT >> Makevars
CFLAGS +=             -O3[......]

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在R3.3中安装Bioconductor最新安装包

如果你是一名开发人员,你会发现,当你使用R3.3时,bioconductor不能使用biocLite自动更新了,它会显示不支持R3.3。
这是因为通过source(“http:bioconductor.org/biocLite.R”)安装的BiocInstaller不是最新版本的缘故。

所以通过安装最新的BiocInstaller就可以解决问题了。

79d7e44922bcee09d70[……]

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cbioportal的CGDS-R库使用介绍

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