多版本R并存

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如果你现在安装了R 3.0.1,你还需要安装R development version的时候,应该怎么做呢? ...

为R/Bioconductor开发调整RStudio 1

为R/Bioconductor开发调整RStudio
RStudio默认的是R。但是在很多情况下,我们需要使用到R-dev的这样的开发版本,应该怎么办呢?本文就讲解 ...

使用bioconductor的BiocStyle书写package vignettes

Bioconductor core推出了BiocStyle软件包,很快这一规范会应用至大多数的biocondu ...

短序比对工具简介bowtie vs BWA vs Subread vs SOAP vs NovoAlign 10

短序比对工具简介bowtie vs BWA vs Subread vs SOAP vs NovoAlign
有趣的是,大部分的short read比对工具都是由中国人写出来的。因此可以说华大基因(BGI, Beijin ...

使用pathview图形化显示KEGG富集结果 12

使用pathview图形化显示KEGG富集结果
pathview是一个新推出的Bioconductor软件包,可以用于图形化显示KEGG富集分析的结果。 这里 ...

使用xps分析affymetrix genechip

在之前的博文《使用xps和oligo分析Affymetrix Exon/Gene ST Arrays》中有介绍 ...

如何在Mac OS X下打开多个R GUI

在terminal中运行: open -n /Applications/R.app 就可以打开一个GUI,运行 ...

升级完R后如何快速安装所有安装过的包 2

R3.0已经发布了。很多人在升级前最担心的是安装了很多包,每次大版本升级都需要一个一个全新安装一遍,很是折磨人 ...

使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24

使用HOMER分析CLIP-SEQ数据
HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析时,按照文献中材料和方 ...

motif搜索的两个工具介绍 2

motif搜索的两个工具介绍
之前的博文《DNA motif 搜索算法总结》对motif搜索做了一些介绍,提到了诸如YMF, MEME, A ...