youtube上的，所以，需要翻墙。全英文…[……]

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去参加了BioC2014，在开发者会上讲了一下motifStack。
今天把PPT整理了一下，发上来宣传一下。

motifStack, A tool for graphic representation of multiple motifs[……]

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在一个特定的目录下，每天checkout开发版的R，并且完成安装，应该怎么做呢？

cd path/to/put/R
svn checkout http://svn.r-project.org/R/trunk/ R-devel
cd R-devel
./configure --without-recommended-packages
make
make install
svn cl[......]

from: edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data

edgeR假设RNA-seq的reads计数对于每个基因来说是符合负二项式分布（Negative Binomial distribution）的。其公式可以表示为, 在这个公式中，p和[……]

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对于RNA-seq，除了gene水平的差异分析外，还可以进行exon水平的差异分析。这时可以使用Bioconductor的DEXSeq软件包。

使用DEXSeq软件包，其输入为Count table。要生成这个Count table，与DESeq, edgeR类似的，都需要使用到htseq。DEXSeq提供了两个python角本，来调用htseq生成计数文件。

关于HTSeq的安装，请[……]

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因为本教程年代有些久远，无法保证其正确性，只是用于交流讨论。

教程适用于GATK v4， release 2.0， 源自http://www.broadinstitute.org/gatk/guide/topic?name=best-practices

流程图：

在SNP分析中，最基本的流程分为连续的多个步骤，初始mapping，精练初始短序，多样品插入删除及SNP分析，较准[……]

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I download SortMeRNA from http://bioinfo.lifl.fr/RNA/sortmerna/. However, when I do

./configure
make

I got error:

src/paralleltraversal.cpp:18:10: fatal error: 'omp.h' file not found
#inc[......]
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当完成测序的比对工作之后，我们得到了bam/sam文件。那么，如何得到reads的统计数据呢？
这有很多途径：
1.读取日志文件。对于bowtie的日志，其中会包括如下的描述：
31991083 reads; of these:
31991083 (100.00%) were unpaired; of these:
6844445 (21.39%) aligned 0 times
18391269[……]

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