每天更新R原码 svn R source

在一个特定的目录下,每天checkout开发版的R,并且完成安装,应该怎么做呢?

cd path/to/put/R
svn checkout http://svn.r-project.org/R/trunk/ R-devel
cd R-devel
./configure --without-recommended-packages
make
make install
svn cl[......]

理解edgeR

from: edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data

edgeR假设RNA-seq的reads计数对于每个基因来说是符合负二项式分布(Negative Binomial distribution)的。其公式可以表示为, 在这个公式中,p和[……]

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使用DEXSeq分析NGS数据中的exon表达差异

对于RNA-seq,除了gene水平的差异分析外,还可以进行exon水平的差异分析。这时可以使用Bioconductor的DEXSeq软件包。

使用DEXSeq软件包,其输入为Count table。要生成这个Count table,与DESeq, edgeR类似的,都需要使用到htseq。DEXSeq提供了两个python角本,来调用htseq生成计数文件。

关于HTSeq的安装,请[……]

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如何统计BAM文件中的reads数

当完成测序的比对工作之后,我们得到了bam/sam文件。那么,如何得到reads的统计数据呢?
这有很多途径:
1.读取日志文件。对于bowtie的日志,其中会包括如下的描述:
31991083 reads; of these:
31991083 (100.00%) were unpaired; of these:
6844445 (21.39%) aligned 0 times
18[……]

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如何让R自动保存历史记录(auto save R history before crash)

也许第一眼看到这个题目,您可能并不认为这是一个问题,因为大家都知道,R会自动在当前工作目录保存名为.Rhistory或者.Rapp.history的文件。这个文件中就是R自动保存的历史记录。但是这种自动保存的历史记录有两个缺点,第一,它只在正常退出的时候保存;第二,它有行数限制。

我提出的这个问题,其实是因为我经常遇到R崩溃的情况,或者R无限耗用内存的情况。在这些情况下,R无法正常退出,也就[……]

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