youtube上的，所以，需要翻墙。全英文…[……]
标签：软件
软件与网络应用
slide of BioC 2014 flashlight talk for motifStack
去参加了BioC2014，在开发者会上讲了一下motifStack。
今天把PPT整理了一下，发上来宣传一下。
motifStack, A tool for graphic representation of multiple motifs[……]
使用R绘制带比例的饼图 Pie Chart with Annotated Percentages
pie1[......]<p class="read-more"><a href="http://qiubio.com/archives/3725">继续阅读</a></p> |
每天更新R原码 svn R source
在一个特定的目录下，每天checkout开发版的R，并且完成安装，应该怎么做呢？
cd path/to/put/R svn checkout http://svn.r-project.org/R/trunk/ R-devel cd R-devel ./configure --without-recommended-packages make make install svn cl[......] |
理解edgeR
from: edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data
edgeR假设RNA-seq的reads计数对于每个基因来说是符合负二项式分布（Negative Binomial distribution）的。其公式可以表示为, 在这个公式中，p和[……]
使用DEXSeq分析NGS数据中的exon表达差异
对于RNA-seq，除了gene水平的差异分析外，还可以进行exon水平的差异分析。这时可以使用Bioconductor的DEXSeq软件包。
使用DEXSeq软件包，其输入为Count table。要生成这个Count table，与DESeq, edgeR类似的，都需要使用到htseq。DEXSeq提供了两个python角本，来调用htseq生成计数文件。
关于HTSeq的安装，请[……]
GATK练习题
因为本教程年代有些久远，无法保证其正确性，只是用于交流讨论。
教程适用于GATK v4， release 2.0， 源自http://www.broadinstitute.org/gatk/guide/topic?name=best-practices
流程图：
在SNP分析中，最基本的流程分为连续的多个步骤，初始mapping，精练初始短序，多样品插入删除及SNP分析，较准[……]
how to install SortMeRNA on mac os x 10.8.5
I download SortMeRNA from http://bioinfo.lifl.fr/RNA/sortmerna/. However, when I do
./configure make
I got error:
src/paralleltraversal.cpp:18:10: fatal error: 'omp.h' file not found #inc[......]
如何统计BAM文件中的reads数
当完成测序的比对工作之后，我们得到了bam/sam文件。那么，如何得到reads的统计数据呢？
这有很多途径：
1.读取日志文件。对于bowtie的日志，其中会包括如下的描述：
31991083 reads; of these:
31991083 (100.00%) were unpaired; of these:
6844445 (21.39%) aligned 0 times
18[……]
如何让R自动保存历史记录（auto save R history before crash）
也许第一眼看到这个题目，您可能并不认为这是一个问题，因为大家都知道，R会自动在当前工作目录保存名为.Rhistory或者.Rapp.history的文件。这个文件中就是R自动保存的历史记录。但是这种自动保存的历史记录有两个缺点，第一，它只在正常退出的时候保存；第二，它有行数限制。
我提出的这个问题，其实是因为我经常遇到R崩溃的情况，或者R无限耗用内存的情况。在这些情况下，R无法正常退出，也就[……]