使用travis-ci来测试R/Bioconductor包

travis-ci.com是一个非常流行的软件测试网站。它会自动检测你在github上软件包的变动而进行编译测试,你可以在readme文档中加入测试结果是否passing的图像,非常方便。但是,也可能会出很多bug,因为它会涉汲多方面的环境,测试出错不一定是自己的软件包出现了问题。

第一步,在travis-ci.com上使用你的github帐号注册一个用户。

第二步,在github中选择你希望[……]

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儿童学习小工具

http://qiubio.com/shiny/

把以前用shiny做的小工具整理了一下,

汉字描红本

» 自动生成汉字描红本的在线工具 

工具可以自动生成田字格,汉字描红本。田字格可设置每行字数。 描红字多种繁简字体可选,描红颜色可以按喜好设置,包括透明色。预设文本包括随机诗(千家诗)词(全宋词+全唐五代词),美洲华语一至九册生字。 可以自动生成拼音,准确率不断提高中。

随机算数题

»[……]

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如何使用bioconductor docker来debug程序中的错误

在package的维护过程中,我们常常遇到的一个困难就是无法重复bioconductor build系统中的错误。有些时候我们想方设法把系统做得和bioconductor build系统做得一致,但是过了几个月,因为疏于维护,或者每日更新过于麻烦,有些时候就无法重复bioconductor build中的错误了。

在这个时候,我们可以利用bioconductor docker来对自己的pac[……]

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在R3.3中安装Bioconductor最新安装包

如果你是一名开发人员,你会发现,当你使用R3.3时,bioconductor不能使用biocLite自动更新了,它会显示不支持R3.3。
这是因为通过source(“http:bioconductor.org/biocLite.R”)安装的BiocInstaller不是最新版本的缘故。

所以通过安装最新的BiocInstaller就可以解决问题了。

tmp[......]<p class="read-more"><a href="http://qiubio.com/archives/4093">继续阅读</a></p>

cbioportal的CGDS-R库使用介绍

tophat library type 应该怎么设置

当我们拿到一个测序结果,实验人员也搞不清楚他的结果的library type怎么运行tophat呢?

依照手册,你可以先访问实验人员,他使用的是什么样的测序手段,是用的illumina还是SOLiD。如果是SOLiD,多半是second strand. 如果是illumina,可能还是分辨一下,主要是分辨unstraned还是firststrand.

这可能需要分三步走:

1 r[……]

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