构建miso annotation

step1. 安装软件rnaseqlib.

pip install –upgrade pip
pip install git+https://github.com/yarden/rnaseqlib.git
pip install gffutils

step2. 从UCSC下载ensGene.txt, knownGene.txt, refGene.txt到一个目录中,比如http:[……]

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从dbGAP下载数据

1. 下载并安装Aspera client extension.

2. 下载Repository Key (.ngc)文件.

3. 下载sra-toolkit.

4. 使用path/to/sra-toolkit/bin/vdb-config -i 导入.ngc文件。并设置下载数据所在的目录。默认值会是在~/ncbi/dbGaP-xxxxx/。

5. 使用Aspera cli[……]

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