step1. 安装软件rnaseqlib.
pip install –upgrade pip
pip install git+https://github.com/yarden/rnaseqlib.git
pip install gffutils
step2. 从UCSC下载ensGene.txt, knownGene.txt, refGene.txt到一个目录中，比如http:[……]
分类：程序员
生物信息学生R入门教程
从dbGAP下载数据
1. 下载并安装Aspera client extension.
2. 下载Repository Key (.ngc)文件.
3. 下载sra-toolkit.
4. 使用path/to/sra-toolkit/bin/vdb-config -i 导入.ngc文件。并设置下载数据所在的目录。默认值会是在~/ncbi/dbGaP-xxxxx/。
5. 使用Aspera cli[……]
error when install Rhtslib
error 1:
cram/cram_io.c:57:19: fatal error: bzlib.h: No such file or directory
#include
^
compilation terminated.
Answer:
This is because the compiler can not find the[……]
error: cannot coerce type ‘S4’ to vector of type ‘double’ when import graphics::plot
When I check one of my package, I got error:
Error in as.double(y) :
cannot coerce type ‘S4’ to vector of type ‘double’
If I remove the importFrom(graphics, plot) from the NAMESPACE, the err[……]
如何使用bioconductor docker来debug程序中的错误
在package的维护过程中，我们常常遇到的一个困难就是无法重复bioconductor build系统中的错误。有些时候我们想方设法把系统做得和bioconductor build系统做得一致，但是过了几个月，因为疏于维护，或者每日更新过于麻烦，有些时候就无法重复bioconductor build中的错误了。
在这个时候，我们可以利用bioconductor docker来对自己的pac[……]
随机算数题
RNA-seq差异表达分析工作流程-2
参考文献：
1. Pertea M, Pertea GM, Antonescu CM, Chang TC, Mendell JT & Salzberg SL. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads Nature Biotechnology 2015, doi:10.1038/[……]
汉字描红本
用shiny做了个汉字描红本的小app。欢迎大家给娃们使用。有字体推荐的话请留言。[……]
