构建miso annotation

step1. 安装软件rnaseqlib.

pip install –upgrade pip
pip install git+https://github.com/yarden/rnaseqlib.git
pip install gffutils

step2. 从UCSC下载ensGene.txt, knownGene.txt, refGene.txt到一个目录中,比如http:[……]

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从dbGAP下载数据

1. 下载并安装Aspera client extension.

2. 下载Repository Key (.ngc)文件.

3. 下载sra-toolkit.

4. 使用path/to/sra-toolkit/bin/vdb-config -i 导入.ngc文件。并设置下载数据所在的目录。默认值会是在~/ncbi/dbGaP-xxxxx/。

5. 使用Aspera cli[……]

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如何使用bioconductor docker来debug程序中的错误

在package的维护过程中,我们常常遇到的一个困难就是无法重复bioconductor build系统中的错误。有些时候我们想方设法把系统做得和bioconductor build系统做得一致,但是过了几个月,因为疏于维护,或者每日更新过于麻烦,有些时候就无法重复bioconductor build中的错误了。

在这个时候,我们可以利用bioconductor docker来对自己的pac[……]

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