Bioc2019 workshop学习笔记 (1)

题记:Bioc2019在上周结束了。纽约回来之后,感觉收获很多很杂,于是打算一步一步温习一遍会上学到的东西。

 

使用docker来实现学习环境

第一步,安装docker

第二步,pull seandavi/bioc_2019。这个docker中包含了所有的依赖环境,以及rstudio server。

docker pull seandavi/bioc_2019

第三步,在本地新建一个文件夹,比如这里的~/Downloads/bioc2019/bioc-libs

mkdir -p ~/Downloads/bioc2019/bioc-libs

第四步,下载workshop中的所有安装包。

cd ~/Downloads/bioc2019/bioc-libs
wget https://s3.amazonaws.com/biocbuild.cancerdatasci.org/bioc2019-usr-local.tar.gz
tar -xzf bioc2019-usr-local.tar.gz
cd ..

第四步,运行docker

docker run --name bioc_2019 -d -v ${PWD}/bioc-libs:/usr/local/lib/R/site-library \
-p 8787:8787 -e PASSWORD=bioc seandavi/bioc_2019

第五步,打开网络浏览器,进入localhost:8787的rstudio,用户名为rstudio,密码为bioc。

第六步,检查一下安装的包,应该可以看到633个安装好的软件包。至此,我们的环境准备工作完成。

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