从dbGAP下载数据

1. 下载并安装Aspera client extension.

2. 下载Repository Key (.ngc)文件.

3. 下载sra-toolkit.

4. 使用path/to/sra-toolkit/bin/vdb-config -i 导入.ngc文件。并设置下载数据所在的目录。默认值会是在~/ncbi/dbGaP-xxxxx/。

5. 使用Aspera client下载文件至前一步指定的目录中去。

6. cd 至第四步指定的目录中,运行path/to/sra-toolkit/bin/vdb-decrypt ./path_to_aspera_download.

如果遇到错误:

2018-07-26T18:22:18 vdb-decrypt.2.9.2 err: encryption key not found while opening manager within virtual file system module – unable to obtain a password
2018-07-26T18:22:18 vdb-decrypt.2.9.2: exiting: RC(rcVFS,rcMgr,rcOpening,rcEncryptionKey,rcNotFound) (2615479768)

那么请从第4步开始,指定下载目录后,将下载来的数据拷贝到第4步中指定的目录去,然后运行第6步。其错误并不是真的找不到password,而是目录结构不对。

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