在R3.3中安装Bioconductor最新安装包

如果你是一名开发人员,你会发现,当你使用R3.3时,bioconductor不能使用biocLite自动更新了,它会显示不支持R3.3。
这是因为通过source(“http:bioconductor.org/biocLite.R”)安装的BiocInstaller不是最新版本的缘故。

所以通过安装最新的BiocInstaller就可以解决问题了。

tmp <- tempfile()
download.file("http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz",tmp)
install.packages(tmp, repos=NULL, type="source")
library(BiocInstaller)
biocLite() ##升级所有已经安装的包。

4 thoughts on “在R3.3中安装Bioconductor最新安装包

  1. 首先感谢指导。

    其次有个问题,如下:

    > tmp download.file(“http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz”,tmp)
    试开URL’http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz’
    Error in download.file(“http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz”, :
    无法打开URL’http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz’
    此外: Warning message:
    In download.file(“http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz”, :
    cannot open URL ‘http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz’: HTTP status was ‘404 Not Found’

    翻墙以后仍然是这样子,是不是这个地址已经失效了?

    1. 这篇文章已经失效了。按照下面的步骤来:
      1. 退出你的R session
      2. 在命令行开始一个新的R,记得带上参数–vanilla (就是 R –vanilla)
      3. 在这个R里面运行remove.packages(“BiocInstaller”)多次,直到它提示已经找不到这个package了为止。
      4. 然后在R中安装BiocInstaller。
      source(“https://bioconductor.org/biocLite.R”)
      5. Run biocValid()。

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