如果你是一名开发人员，你会发现，当你使用R3.3时，bioconductor不能使用biocLite自动更新了，它会显示不支持R3.3。
这是因为通过source(“http:bioconductor.org/biocLite.R”)安装的BiocInstaller不是最新版本的缘故。
所以通过安装最新的BiocInstaller就可以解决问题了。
tmp <- tempfile() download.file("http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz",tmp) install.packages(tmp, repos=NULL, type="source") library(BiocInstaller) biocLite() ##升级所有已经安装的包。 |
首先感谢指导。
其次有个问题，如下：
> tmp download.file(“http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz”,tmp)
试开URL’http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz’
Error in download.file(“http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz”, :
无法打开URL’http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz’
此外: Warning message:
In download.file(“http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz”, :
cannot open URL ‘http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/GenomicRanges_1.23.9.tar.gz’: HTTP status was ‘404 Not Found’
翻墙以后仍然是这样子，是不是这个地址已经失效了？
这篇文章已经失效了。按照下面的步骤来：
1. 退出你的R session
2. 在命令行开始一个新的R，记得带上参数–vanilla （就是 R –vanilla）
3. 在这个R里面运行remove.packages(“BiocInstaller”)多次，直到它提示已经找不到这个package了为止。
4. 然后在R中安装BiocInstaller。
source(“https://bioconductor.org/biocLite.R”)
5. Run biocValid()。
谢谢博主，你的工作为他人学习R提供了很大的方便！
谢谢赞扬。