如何使用biomaRt做hg19注释

因为现在ensembl已经更新了human的注释库,所以当你直接使用

library("biomaRt")
database <- listDatasets(useMart("ensembl"))
database[database[,1]=='hsapiens_gene_ensembl',]
                 dataset                 description version
32 hsapiens_gene_ensembl Homo sapiens genes (GRCh38)  GRCh38

你会得到的是GRCh38(hg38)的注释库。
那么如何转换至hg19注释库呢?
使用

mart <- useMart("ENSEMBL_MART_ENSEMBL", host="grch37.ensembl.org", path="/biomart/martservice")
database <- listDatasets(mart)
database[database[,1]=='hsapiens_gene_ensembl',]
                 dataset                     description    version
31 hsapiens_gene_ensembl Homo sapiens genes (GRCh37.p13) GRCh37.p13

0 thoughts on “如何使用biomaRt做hg19注释

  1. 提一点小建议吧。
    我感觉新浪博客不是个好的选择。广告多,页面不够清新,给人的感觉不像是技术性的博客。
    CSDN会好很多

    1. 谢谢您的建议。但是我实在是没有太多的选择。CSDN虽然专业一些,但是考虑到用户数量等,还是决定用sina。sina最让人不爽的,就是敏感词设置地莫名其妙。

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