生物信息学生R入门教程–R语法基础

获取R/Bioconductor帮助

是否会获取帮助是自学能力的体现。R/Bioconductor有强大的帮助文档,还有邮件组通讯。这里讲述如何正确有效地通过帮助文档了解掌握R/Bioconductor。

(1)对于已知名称的函数,欲了解该函数(例如查询函数solve)的详细使用方法,可以用“?solve”或者“help(solve)”来获取当前搜索路径中函数solve的帮助。

> help(solve)

对于由特殊字符或某些关键词(例如if)指定的功能,这些参数必须用单引号或双引号括起来,例如:

> ?`[`

注意,使用help函数或者“?”得到帮助信息的前提是该函数所在的扩展包已经加载。

(2)对于未知名称的函数,希望通过关键词搜索,可以使用“??”或者“help.search ()”来找到与搜索关键词相关的所有函数。

> ??motif

(3)使用Vignettes获取对软件包功能及范例的整体印象。如果已知一个软件包可以实现某项功能,但是不清楚具体的操作流程,或者对该软件包的其它功能也感兴趣,阅读Vignettes是最直接的办法。Vignettes的中文大意是小插图,小品文。在R/Bioconductor中,它就是一个综合说明文档。它将软件包中的函数有机的结合起来,示例性地提供该软件包最典型的使用场景和代码。它还有可能提供该软件包与R/Bioconductor中其它软件包的关系,并给出结合多软件包使用的范例。Vignettes可以图文并茂,所以它比之一般的帮助文档更具有可读性。在Bioconductor中,Vignettes是每个包必须包含的文档(在R中不要求),可见其在Bioconductor软件包中的重要性。如果我们想了解motifStack(必须是已安装的包)这个包可以做什么,有哪些作者强调的功能,我们可以使用vignette("motifStack”)来获得其综合说明文档。

> vignette("motifStack")

(4)使用邮件组可以更直接地与各个包的作者或者维护人员沟通。在使用邮件组的提出问题之前,需要对过往邮件进行搜索,确定自己的问题前人没有提出过或者即使讨论过却没有解决自己的疑问的情况下再进行提问。提问的要求是使用最简单的语言描述让他人可以重现你遇到的问题。并随邮件附附上当前的sessionInfo。更多细节请查看 http://www.r-project.org/mail.html 以及 http://bioconductor.org/help/mailing-list/#bioconductor

2 thoughts on “生物信息学生R入门教程–R语法基础

  1. 您好,问个最简单的问题,我输入 biocLite(“ChIPpeakAnno”)后,为什么会下载其他很多包,而不是括号里的那个包呢?而且,我在括号里不输入任何名称会直接开始下载,没有选路径,不知道会下载到哪里?

    1. 那些包是ChIPpeakAnno的依存包。ChIPpeakAnno是在他们的基础上开发出来的。你可以使用.libPaths()来查看安装的目录。

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