生物信息学生R入门教程–R语法基础

R/Bioconductor的书写规范

R/Bioconductor的书写规范并不是硬性要求,但是可以帮助我们写出方便和他人交流的代码。

退格与列

  • 使用4个空格来替换tab
  • 每一行不超过80个字符

变量名

  • 使用匈牙利命名法:以一个或者多个小写字母起始,接着首字母大写的单词缩写,中间不使用除字母与数字以外的其它字符。比如someVar1。

函数名

  • 使用匈牙利命名法:以一个或者多个小写字母起始,接着首字母大写的单词缩写,中间不使用除字母与数字以外的其它字符。
  • 避免使用'.',比如some.func

合理使用空格

  • 在逗号后一定使用空格。比如a, b, c。而不应该是a,b,c。这样做有利于系统自动换行。
  • 在函数传递参数时等号(=)左右不使用空格。比如someFunc(a=1, b=2),而不应该是someFunc(a = 1, b = 2)。
  • 在逻辑运算符左右使用空格,比如a == b。
  • 在赋值运算符左右使用空格,比如a <- 2。

注释

  • 使用连续两个##开始注释
  • 注释需要和代码的退格保持一致

其它

  • 使用'<-'而不是'='作为赋值符号

2 thoughts on “生物信息学生R入门教程–R语法基础

  1. 您好,问个最简单的问题,我输入 biocLite(“ChIPpeakAnno”)后,为什么会下载其他很多包,而不是括号里的那个包呢?而且,我在括号里不输入任何名称会直接开始下载,没有选路径,不知道会下载到哪里?

    1. 那些包是ChIPpeakAnno的依存包。ChIPpeakAnno是在他们的基础上开发出来的。你可以使用.libPaths()来查看安装的目录。

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