新书推荐《R语言与Bioconductor生物信息学应用》 10

R语言与Bioconductor生物信息学应用

为了能更好的推广Bioconductor在生物信息学中的应用,去年参与写作了一本书《R语言与Bioconductor生物信息学应用》。现在它已经出版了。

此书有很多内容来自于我的博客,但是经过了严格的文字审核与内容勘误,不象写博客这么随意与口语化,也更加系统化。R的部分主要由知名博主肖凯完成,RNA-seq的部分主要由天津大学的高山完成。

此书主要面向R与BIOCONDUCTOR的初学者,对于生物从业人员由完全实验转向干湿皆顾非常有帮助。初学者们可以从书中找到很多常见问题的答案。此书浅显易懂,完全可以通过自学完成。它也非常适合生物信息类专业的专业教材,生物类专业的辅助教材。比较市场上流行的R/Bioconductor的专业书籍,它首先是中文,其次较大多英文书籍要新,第三,它是真正的一本书,而不是论文杂集。

Bioconductor会每年更新一次至两次,所有变化会非常快。当我们写作的时候,R还是2.15版本,而现在的版本已经是3.02版了。一个问题就是,书中所写的内容还适用于新版本吗?对于已经成熟的实验手段,比如基因芯片来说,无论R的版本怎么更新,其框架不会有太大的变化,其流行算法不会有太大的变化。书中大部分代码已经通过3.10版的测试,所以至少在未来一年内,代码部分并不会过时。虽然书中的一部分代码可能会被淘汰,但是其思路依然会保持。

因为Bioconductor的更新速度很快,以及我们写作人员素质有限,虽然我们已经尽量避免,但是书中还是难免会有错误,如果有任何这方面的问题请与我们联系。购书时,读者将会得到本书的QQ通讯群。QQ通讯群是与国情吻合的一种求助方式。它不同于邮件组,它具有即时性,可以快速解决读者的疑问。

此书的定购方式请参见高山博客中的PPT的结尾部分以及肖凯博客中的发行方式。书因为是自费出版,暂时只能以收费形式发行。于我而言,我未出资,也不参与分发行,所以不承担风险。按照事前约定,属于我的红利部分将全部由发行方全额资助给国内需要资助的生物信息类或者生物类专业的学生,以帮助他们顺利完成学业。这些受资助的学生将从购书的学生中产生。

下面是本书的目录结构:
第一章 R基础知识 4
1.1 什么是R 4
1.2 R的下载与安装 12
1.3 R语言快速入门 21
1.4 一些简单的语法知识 23
1.5 本章源代码详解及小结 25
参考文献: 31
第二章 生物信息学基础知识 4
2.1中心法则-生物信息流 4
2.2测序与序列分析 10
2.3基因表达分析 17
参考文献: 24
第三章 R在生物信息学中的简单应用 2
3.1 一个序列分析课题 2
3.2 用R包(非bioconductor)实现课题 4
3.3 用R包(bioconductor)实现课题一 21
3.4 用R包(bioconductor)实现课题二 26
第四章 Bioconductor简介 1
4.1 什么是Bioconductor 2
4.2 Bioconductor包的分类介绍 5
4.3 从R到Bioconductor的跨越:Biostrings, BiomaRt以及AnnotationDbi包 12
参考文献: 32
第五章Bioconductor分析基因芯片数据
5.1 快速入门 2
5.2 基因芯片基础知识 3
5.3 基因芯片数据预处理 5
5.4 基因芯片数据分析 24
5.5 芯片处理实际课题一 39
5.6 芯片处理实际课题二 42
5.7 芯片处理实际课题三 44
参考文献: 48
第六章 Bioconductor分析RNA-seq数据 4
6.1示例课题介绍 4
6.2高通量测序基础知识 5
6.3 RNA-seq技术的特点 16
6.4 RNA-seq数据预处理 18
6.5 RNA-seq数据分析 28
参考文献: 31
第七章 R的高级语法与如何创建R包
7.1 R的高级语法 2
7.2 创建及发布自己的R/Bioconductor包 14
7.3 R包结构 26
参考文献: 29

10 thoughts on “新书推荐《R语言与Bioconductor生物信息学应用》

  1. Reply 李盼 2月 4,2014 4:07 上午

    你好,我购买了《R语言与Bioconductor生物信息学应用》这本书,请问你能将书中的源代码发给我吗,我没有找到。

  2. Reply Wei Shen 2月 15,2014 7:37 上午

    哇塞,出书了呀,恭喜!!!

  3. Reply 丁丁 4月 26,2014 9:31 上午

    已买此书,支持博主~

  4. Reply yuan 6月 30,2014 2:41 下午

    买了这本,挺不错的,赞!

  5. Reply grassule 11月 2,2014 11:23 下午

    其中一些源代码有个别的错误。不过确实是本好书。

  6. Reply grassule 11月 2,2014 11:26 下午

    我刚买了这本书,希望各位作者能提供一些讲座视频,上传到你们的博客上。帮我们讲解一些,我想用GEO数据库里面的芯片分析一下某种病的差异基因,然后预测一下,可惜老板没钱,没有我想要的类型,所以才自己摸索,才买了你的红宝书,谢谢你们的无私奉献。

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