使用RStudio维护bioconductor软件包

在使用RStudio之前,需要安装好subversion
下面是安装的list

  • Windows: SilkSVN or any of the other packages listed here
  • OSX (≤ v10.7): Not required — already included in versions of OSX 10.7 and before
  • OSX (v10.8+): Install Xcode’s Command Line Tools from Apple’s developer downloads (requires free Apple Developer ID)
  • Debian/Ubuntu: sudo apt-get install subversion
  • Fedora/RedHat: sudo yum install subversion

以mac os X 为例,打开xcode:Preferences:Downloads, 检查Command Line Tools是否已经安装。
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而后打开RStudio, 点击Project:Create Project:Version Control:SVN,输入相关信息。通常,bioconductor的release version在
https://hedgehog.fhcrc.org/bioconductor/branches/RELEASE_X_XX/madman/Rpacks/YourPackageName
请使用当前的RELEASE version来替换RELEASE_X_XX中的X,比如当前的release version是2.13,那就应该是RELEASE_2_13。使用你需要维护的包来替换YourPackageName.
通常develop version在
https://hedgehog.fhcrc.org/bioconductor/trunk/madman/Rpacks/YourPackageName
使用你需要维护的包来替换YourPackageName.需要注意的是,如果你维护的是develop version,请注意使用develp环境。相关环境设计,请参照:为R/Bioconductor开发调整RStudio,以及升级Bioconductor至最新版本

点击确认后,它会在下载需要维护的包至本地。然后你就可以开始使用RStudio来维护软件包了。
在更新代码之后,提交更新之前,你需要确认下列事项:

  1. 更新你的软件包版本。打开DESCRIPTION,确认版本更新。
  2. 更新你的软件包NEWS信息。打开NEWS文本文件,确认更新。
  3. 通过check。点击RStudio的右手方的Build子项的check

在完成上面的checklist之后,就可以点击svn子项中的Commit提交更新了。

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