使用pathview图形化显示KEGG富集结果 12

pathview是一个新推出的Bioconductor软件包,可以用于图形化显示KEGG富集分析的结果。

这里我就来示例一下如何使用pathview以及其输出图形的效果:

> library("org.Hs.eg.db")
> frame <- toTable(org.Hs.egPATH)
> keggframeData <- data.frame(frame$path_id, frame$gene_id)
> keggFrame=KEGGFrame(keggframeData,organism="Homo sapiens")
> library("GSEABase")
> library("GOstats")
> gsc <- GeneSetCollection(keggFrame, setType = KEGGCollection())
> universe = Lkeys(org.Hs.egGO)
> library(GeneAnswers)
> data("humanExpr")
> genes <- as.character(humanExpr$GeneID)
> kparams <- GSEAKEGGHyperGParams(name="My Custom GSEA based annot Params",
+  geneSetCollection=gsc,
+  geneIds = genes,
+  universeGeneIds = universe,
+  pvalueCutoff = 0.05,
+  testDirection = "over")
> kOver <- hyperGTest(kparams)
> kOver <- summary(kOver)
> library(pathview)
> gene.data <- humanExpr$Ctrl1
> names(gene.data) <- humanExpr$GeneID
> pv.out <- pathview(gene.data=gene.data, pathway.id=kOver$KEGGID[1], species="hsa", out.suffix="pathview.hsa04110.Ctrl1", kegg.native=TRUE)

hsa04110.pathview.hsa04110.Ctrl1

12 thoughts on “使用pathview图形化显示KEGG富集结果

  1. Reply Ying 10月 19,2014 7:42 上午

    您好,能够解释一下KEGG富集分析图形化后这个输出图的含义么,新手不知道怎么理解

  2. Reply kaji331 11月 27,2014 1:07 下午

    你好,我一直有个疑问,无论用哪个KEGG的包分析这个pathway,我怎么知道用哪个编号的图了?就是最后的04110

    • Reply admin 11月 30,2014 4:12 下午

      您的问题实在是让人难以理解啊。是不是不在国内多年,我的语文水平下降了?我理解的是当使用GOStats等包做完富集分析之后,你会得到富集的pathway的id,这个id就是类似hsa04110这类的编号了。

  3. Reply yuan 3月 26,2015 7:43 下午

    想请问楼主,我有一组因为病毒感染人类细胞后,通过cufflinks分析得到的上调表达了的基因,我该怎样做功能分析。
    我的方法是,下载了蛋白质序列,然后在kegg数据库里拿到了k number。不知道怎样带入楼主显示的pathview的过程中?
    按照楼主的例子一字不差的输入r之后,得到了楼主显示的cell cycle的图。但是,怎样置换了我自己的数据集啊?
    我初次接触r语言包,而且从昨天才开始学习kegg数据库。谢谢哈!

  4. Reply Jack 5月 18,2016 9:39 下午

    请问, 是否有办法提高pathview输出的png图片分辨率?或者有其他办法输出质量较好的pdf也好?谢谢

  5. Reply 李轶群 8月 24,2016 3:20 上午

    请问这个图能调分辨率么?

  6. Reply naturehuner 1月 14,2017 6:14 上午

    根据原文作者在bioconductor的回答,并不推荐改变分辨率大小?https://support.bioconductor.org/p/53566/

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