使用xps分析affymetrix genechip

在之前的博文《使用xps和oligo分析Affymetrix Exon/Gene ST Arrays》中有介绍如何使用xps来分析affymetrix GeneChip的部分。写本文的目的是为了更好的给出如何使用xps的方法。

使用xps的基础是root。root有它的优点,也有它的缺点。其优势是一旦生成了root文件,就可以反复使用。其缺点就是文件的前期整理制作让新手会因为陌生而产生抵抗,从而转向oligo等比较容易上手使用的包。但是当我们想得到present call之类的数据时,oligo就无能为力了,这时还是需要走进xps的世界。

使用xps其实就比oligo等包多了一步,那就是制作root文件。其它的部分其本都是一样的。对于制作root文件,可以分为两步,第一步,在affymetrix.com网站上下载library文件以及annotation文件至本地。第二步,按照xps包中的指导文件来制作root文件。xps包的指导文件可以分为两部分,一是传统的vignettes,二是其源文件中examples目录下的script文件。关于传统的vignettes,本文就不再介绍了。要获取examples目录,可以使用命令:

system.file("examples", package="xps")

而后就可以打开本机中examples目录,我们可以看到很多.R文件,打开其中的script4schemes.R文件,就可以看到作者为每种Affymetrix GeneChip都写好了如何准备root文件的代码。我们只要依葫芦画瓢就可以了。

之后的工作就可以打开script4xps.R文件,按照指导操作。

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