NGS分析入门:在基因组浏览器中图型化显示结果

图型化显示NGS结果不但是分析的需要,在很多文章的发表中也会用于部分结果的重点展示。

最为顶顶大牛的就是UCSC Genome Browser。它本身不但可以显示用户上传的NGS结果,还自带有很多已经发表的研究结果以及ENCODE的数据。但是因为它是基于网络的服务,所以在速度上会有不足。而本地安装的IGV(Integrative Genome Viewer)就会好很多了。很多文章中的图就是从IGV中输出的。当然还有很多其它工具

可以用于在genome browser或者viewer中显示的文件格式有:bed, wiggle, bedGraph, bam, gff/gtf等等。其中bam文件需要使用samtools的index工具制作index文件。

那么在看这些图型化显示结果时,我们要注意些什么呢?下面就是一个check list,我们可以一项一项的对照着看:

  1. 检查有无明显的尖刺样的信号(spikes)。它们可能是由污染等原因造成的。
  2. 对于ChIP-seq
    • 峰是否完整,清楚。还是连成一片。
    • 它是否出现的正确的位置。
    • 如果是Transcript factor,峰是否是在它应该在的位置上,比如TSS的上游?如果是H3K4me3,峰是否富集的TSS附近?如果是H3K4me1/2,H3/H4ac, DNase, 峰是否在TSS附近或者调控单元的末端?如果是H3K36me3,峰是否全基因都富集?如果是H3K27me3,是否富集在inactive基因的CpG island附近?如果H3K9me3,峰是否出现在broad domains和repeat elements上。
    • 背景是否足够低
  3. 对于RNA-seq
    • 峰是否大多在外显子上。
    • 是否有峰桥连两个外显子
    • 是否会有3′,5’的倾向性,因为rna会多5’至3’降解。
    • 它们是否出现在正确的链上

One thought on “NGS分析入门:在基因组浏览器中图型化显示结果

  1. 博主你好,请问除了像GBrowse这样的基因浏览器可以配置在Ubuntu这样的linux服务器(无图形界面)上以外,还有没有其他的基因浏览器可以这样配置,并支持Apache和mysql数据库。好像有很多都只支持图形界面呀。

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