bioconductor系列教程之三–Affymetrix 外显子(exon)分析综合 10

之前有三篇博客讲述了如何分析Affymetrix Ex-st microarray,它们分别是:《》《》《》。后来又写了一篇《使用xps和oligo分析Affymetrix Exon/Gene ST Arrays》。但个人总体感觉还是没有把问题写得简单明确。所以就再写一篇全面介绍如何使用bioconductor以及APT来分析Affymetrix Exon St array。

关于基本概念,这里就不多讲述了,请参见之前的博客。这里主要是综合使用不同的方法来分析同一组数据,并讲解如何得到合理的alternative splicing events。

目录:
一,分析获取基因水平以及外显子水平的信号

  • 使用R库oligo
  • 使用R库xps
  • 使用R库aroma.affymetrix
  • 使用Affymetrix Power Tools
  • 使用JETTA

二,使用bioconductor去除假阳性信号

三,确定alternative splicing events

  • 使用MiDAS
  • 使用SI/LIMMA
  • 使用FIRMA
  • 使用ARH


因为篇辐过长,本文不再讲述软件的安装,只涉及代码的讲解。

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10 thoughts on “bioconductor系列教程之三–Affymetrix 外显子(exon)分析综合

  1. Reply Joe 6月 11,2012 4:03 上午

    您好!之前您写的primeview.db帮助非常大,非常感谢!

    于此同时,我发现 在运用nsFilter时 似乎不能载入primeview的环境,不知如何解决,特向您请教。谢谢!!

  2. Reply keke 8月 19,2012 12:17 上午

    请问一个粗浅的问题:Affymetrix 外显子(exon)芯片与传统的3‘芯片相比,有没有太多的优势?为什么现今仍有很多研究者使用传统的3‘芯片?为什么传统的3‘芯片没有被淘汰?

    • Reply admin 8月 19,2012 6:48 上午

      这个问题很难回答啊。我感觉原因有以下几点:
      1,设计不同。3‘IVT芯片(基因芯片)的对象是基因3’末端(覆盖大约3‘端600bp),每个基因只有1至2组探针组(probeset)。所以它的样品一般是以polyA为引物产生的cDNA。而exon array(外显子芯片)覆盖整个基因的所有外显子,其样品是mRNA,而后是以不同引物(而不是单一的polyA)逆转录产生的cDNA。所以基因芯片的研究对象只能是基因表达水平,而外显子芯片则可能是transcripts水平。要注意的是,基因芯片面对同一基因不同结尾时,会区别对待。
      2,实验步骤不同。正如前面提到的,它们主要的区别在于逆转录的引物。
      3,探针组成不同。基因芯片针的探针组由11PM和11MM探针组成,而外显子芯片则是4PM。平均每个基因,基因芯片有16个探针,而外显子芯片会有147个探针。虽然探针的总数相对于基因芯片来说提高了,但是其精确程度却很依赖相互验证,这在实验水平来说很难保证。这就意味着对其的分析会更难。
      4,成本不同。这是最主要人们在研究基因表达水平时倾向使用前者的原因。

  3. Reply keke 8月 19,2012 6:57 上午

    收益非浅,衷心感谢热心回复

  4. Reply Yuan Xun 1月 7,2015 3:36 上午

    您好!请问一个问题,我在使用oligo时,输入“affyRaw<-read.celfiles(celFiles)”,为什么总是提示:Warning message:package ‘pd.hugene.1.0.st.v1’ was built under R version 3.2.0 ?

  5. Reply David 7月 19,2015 9:54 下午

    您好,老师。首先,谢谢您的博文,内容非常好!
    请问在“确定alternative splicing events”这一步中“使用SI/LIMMA”的代码里首行里的 annot.map 之前未定义过,在我运行时会提示错误,这应该怎么改正呢?

    • Reply admin 7月 21,2015 10:26 下午

      现在对于SI/LIMMA中的laternative splicing events的处理,不再使用SI了,请自己查看limma::diffSplice函数,对你会有帮助的。

  6. Reply CCUICUCPR 3月 27,2017 12:45 下午

    想请问老师,那个自动化处理流程的密码是什么啊?

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