illumina CASAVA 序列比对使用说明

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#####核心参数
## Unaligned所在路径
EXPT_DIR $HOME/data/expt_name/Unaligned
 
## 短序列处理方式
## 几个例子：
## USE_BASES nYYY	#忽略第一个碱基，使用每2至4个碱基
## USE_BASES Y30	#比对前30个碱基
## USE_BASES nY30	#忽略第一个碱基，比对基后的30个碱基
## USE_BASES nY30n	#忽略第一个碱基，比对基后的30个碱基，并且忽略最后一个碱基
## USE_BASES nY*n	#忽略第一个碱基，和最后一个碱基，碱基数设定为短序数－2
## USE_BASES Y*n	#忽略最后一个碱基，碱基数设定为短序数－1
## USE_BASES Y*n,Y*n	#成对比对，并且均忽略最后一个碱基，且成对的两短序不一定等长
## USE_BASES nY*,nY*	#成对比对，并且均忽略第一个碱基，且成对的两短序不一定等长
## USE_BASES nY*	#忽略第一个碱基，碱基数设定为短序数－1
## USE_BASES n*,Y*n	#成对读入，但是第一组全部忽略，第二组忽略最后一个碱基
## USE_BASES Y*n,n*	#成对读入，但是第一组忽略最后一个碱基，第二组全部忽略
USE_BASES Y*	#使用全部

## 参考序列文件所在目录，如果想使用ELANDv2e的话，就指向中一个单一的FASTA参考序列文件
ELAND_GENOME $HOME/iGenome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Chromosomes/
SAMTOOLS_GENOME	# Direct CASAVA to a multi-sequence FASTA reference file.

## 指定比对方式，有四种，分别是
## ANALYSIS eland_extended	逐一比对
## ANALYSIS eland_pair		成对比对
## ANALYSIS eland_rna		RNA序列比对
## ANALYSIS none		未设定
ANALYSIS eland_extended
 
## 并行处理的文件数。为使CASAVA占用内存小于2GB，所以需要设定同时处理的数据大小。
## 其计算公式为：
## (ELAND_FASTQ_FILES_PER_PROCESS value) × (--fastq-cluster-count value) ≤ ## 16 million
## 要注意，该值的设定影响着内存的控制，如果太大就会占用更多的内存，
## 从而导致内存不足而影响效率。
## 以下是参考数值：
## --fastq-cluster-count	|	ELAND_FASTQ_FILES_PER_PROCESS
## 12,000,000			|	1
##  6,000,000			|	2
##  4,000,000			|	3
##  3,000,000			|	4
##  2,000,000			|	6
##  1,000,000			|	12
## 关于如何获取--fastq-cluster-cout，这其实是Bcl文件转换过程当中的一个参数，
## 可以简单的想象成fastq文件行数除以4
ELAND_FASTQ_FILES_PER_PROCESS 3
 
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#####可选参数，使用前去除注释答符号
## --singleseed模式，只针对ANALYSIS eland_extended和ANALYSIS eland_pair有效
#SINGLESEED --singleseed

## --ungapped模式，不允许空格
#UNGAPPED --ungapped

## --sensitive增强灵敏度，以速度为代价
#INCREASED_SENSITIVITY --sensitive

## 输出文件夹，默认为当前目录
#OUT_DIR $HOME/output/

## 后续命令行。
#DATASET_POST_RUN_COMMAND /yourPath/yourCommand yourArgs

## 程序运行完全结束之后，发邮件通知
#EMAIL_LIST user@example.com user2@example.com
#EMAIL_SERVER mailserver
#EMAIL_DOMAIN example.com

## 在超链接中运行目录前使用web前缀，
## NUM_LEADING_DIRS_TO_STRIP，在使用前缀前运行目录需要截取的字符数
#WEB_DIR_ROOT file://server.example.com/share
#NUM_LEADING_DIRS_TO_STRIP 0

## 非基因组序列文件所在目录
#ELAND_RNA_GENOME_CONTAM $HOME/iGenome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Contaminants/

## 基因注释文件
#ELAND_RNA_GENOME_ANNOTATION $HOME/iGenome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/refFlat.txt.gz

##不解释
#ELAND_RNA_GENE_MD_GROUP_LABEL GRCh37.p2-Primary Assembly

##不解释
#KAGU_PARAMS

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#####paired模式参数，不解释，省略。