bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程(上) 9

总结

在alternative splicing的分析中,起决定性作用的,主要是核心探针组的注释和基因水平表达定量。如果这两个不一样,就会造成结果的巨大差错。

在这里,我们按照一个完整的流程来确定了可能的替换剪切。

以后会接着讲质量控制和如何实现各类基因水平和探针水平显著差异的算法。

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9 thoughts on “bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程(上)

  1. Pingback: bioconductor系列教程之三–Affymetrix 外显子(exon)分析综合 | 糗世界

  2. Reply s223554 2月 21,2013 3:54 上午

    现在exonmap包不能用了啊,read.exon()有替代吗?

  3. Reply admin 2月 21,2013 6:44 上午

    你可以参考本博的其他教程使用xps,oligo或者aroma,jetta来分析。

  4. Reply wxy 10月 10,2013 5:42 上午

    xmapcore_homo_sapiens_60已下载在本机如何将其添加入mysql服务器。我的系统是win7,mysql也安装在本机上。谢谢。

  5. Reply yylin1984 2月 8,2015 8:12 下午

    您好,当安装”xmapcore”包的时候,提示说不适用于当前版本的R,不知道有没有解决办法?

  6. Reply 7月 24,2015 2:21 上午

    欧老师,又来麻烦您了。这篇博客中的数据下载地址不能打开了,因为我的电脑内存不够,我在按照bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程中(质量控制)步骤操作的时候,
    +- rawData/
    | +- /
    | | +- / <– must match exactly a chip type folder under annotationData/
    | | +- CEL files
    中的cel files可以用什么文件代替呢?

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