bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程(上) 9

标准化数据和表达汇总(normalization and expression summary)

预处理的过程和之前讲的差不多,但是因为没有MM,所以无法使用mas5算法了。我们有两个选择,1是rma算法,另一个是PLIER算法。
需要注意的是,PLIER算法对内存管理并没有优化,所以它会占用大量的内存,如果您的机器内存小于8G,最好只读取一半的数据量来进行学习。

> x.rma<-rma(raw.data)
Background correcting
Normalizing
Calculating Expression
> # or plier can be used:
> library(plier)
> x.pli<-justPlier(raw.data, usemm=F, normalize=T, 
+ norm.type="pmonly", concpenalty=0.08)
Quantile normalizing...Done.
usemm=FALSE: setting mms to 1.0
....................................................done.

Pages: 1 2 3 4 5 6 7 8

9 thoughts on “bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程(上)

  1. Pingback: bioconductor系列教程之三–Affymetrix 外显子(exon)分析综合 | 糗世界

  2. Reply s223554 2月 21,2013 3:54 上午

    现在exonmap包不能用了啊,read.exon()有替代吗?

  3. Reply admin 2月 21,2013 6:44 上午

    你可以参考本博的其他教程使用xps,oligo或者aroma,jetta来分析。

  4. Reply wxy 10月 10,2013 5:42 上午

    xmapcore_homo_sapiens_60已下载在本机如何将其添加入mysql服务器。我的系统是win7,mysql也安装在本机上。谢谢。

  5. Reply yylin1984 2月 8,2015 8:12 下午

    您好,当安装”xmapcore”包的时候,提示说不适用于当前版本的R,不知道有没有解决办法?

  6. Reply 7月 24,2015 2:21 上午

    欧老师,又来麻烦您了。这篇博客中的数据下载地址不能打开了,因为我的电脑内存不够,我在按照bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程中(质量控制)步骤操作的时候,
    +- rawData/
    | +- /
    | | +- / <– must match exactly a chip type folder under annotationData/
    | | +- CEL files
    中的cel files可以用什么文件代替呢?

Leave a Reply

  

  

  

%d 博主赞过: