教程数据下载并读入
下载数据需要你先注册一个帐号,然后再点击右上角的小logo下载。需要仔细地找一下。
下载解压后在同一文件夹下新建一个名为covdesc的文件,文件用tab间隔,内容如下:
group 0306_YH148_EX_exMCF7_r1.CEL a 0406_YH156_EX_exMCF7_r2.CEL a 0406_YH157_EX_exMCF7_r3.CEL a 0306_YH149_EX_exMCF10A_r1.CEL b 0406_YH158_EX_exMCF10A_r2.CEL b 0406_YH159_EX_exMCF10A_r3.CEL b 0806_YH178_EX_100MCF7_r1.CEL c 0806_YH179_EX_100MCF7_r2.CEL c 0806_YH180_EX_100MCF7_r3.CEL c 0806_YH181_EX_100MCF10A_r1.CEL d 0806_YH182_EX_100MCF10A_r2.CEL d 0806_YH183_EX_100MCF10A_r3.CEL d
R中载入库文件:
> library(exonmap) Loading required package: affy Loading required package: Biobase Welcome to Bioconductor Vignettes contain introductory material. To view, type 'openVignette()'. To cite Bioconductor, see 'citation("Biobase")' and for packages 'citation(pkgname)'. Loading required package: genefilter Loading required package: RColorBrewer Loading required package: RMySQL Loading required package: DBI > library("exon.pmcdf")
设置路径并读取文件
> setwd("~/Documents/exonArray/ExonarraysMCF7andMCF10Adata_cel") > raw.data<-read.exon() > raw.data@cdfName<-"exon.pmcdf" > pData(raw.data) sample group 0306_YH148_EX_exMCF7_r1.CEL 1 a 0406_YH156_EX_exMCF7_r2.CEL 2 a 0406_YH157_EX_exMCF7_r3.CEL 3 a 0306_YH149_EX_exMCF10A_r1.CEL 4 b 0406_YH158_EX_exMCF10A_r2.CEL 5 b 0406_YH159_EX_exMCF10A_r3.CEL 6 b 0806_YH178_EX_100MCF7_r1.CEL 7 c 0806_YH179_EX_100MCF7_r2.CEL 8 c 0806_YH180_EX_100MCF7_r3.CEL 9 c 0806_YH181_EX_100MCF10A_r1.CEL 10 d 0806_YH182_EX_100MCF10A_r2.CEL 11 d 0806_YH183_EX_100MCF10A_r3.CEL 12 d
现在exonmap包不能用了啊,read.exon()有替代吗?
你可以参考本博的其他教程使用xps,oligo或者aroma,jetta来分析。
xmapcore_homo_sapiens_60已下载在本机如何将其添加入mysql服务器。我的系统是win7,mysql也安装在本机上。谢谢。
xmap已经不再维护了,所以本博不再推荐。安装方法见第二页。
您好,当安装”xmapcore”包的时候,提示说不适用于当前版本的R,不知道有没有解决办法?
xmapcore已经不再维护了。所以,没有办法。
欧老师,又来麻烦您了。这篇博客中的数据下载地址不能打开了,因为我的电脑内存不够,我在按照bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程中(质量控制)步骤操作的时候,
+- rawData/
| +- /
| | +- / <– must match exactly a chip type folder under annotationData/
| | +- CEL files
中的cel files可以用什么文件代替呢?
我也是你说了我才发现原始的数据下载站不再存在了。你试着找一下其它的数据来进行分析吧。