bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程(上) 9

教程数据下载并读入

下载数据需要你先注册一个帐号,然后再点击右上角的小logo下载。需要仔细地找一下。

下载解压后在同一文件夹下新建一个名为covdesc的文件,文件用tab间隔,内容如下:

	group
0306_YH148_EX_exMCF7_r1.CEL	a
0406_YH156_EX_exMCF7_r2.CEL	a
0406_YH157_EX_exMCF7_r3.CEL	a
0306_YH149_EX_exMCF10A_r1.CEL	b
0406_YH158_EX_exMCF10A_r2.CEL	b
0406_YH159_EX_exMCF10A_r3.CEL	b
0806_YH178_EX_100MCF7_r1.CEL	c
0806_YH179_EX_100MCF7_r2.CEL	c
0806_YH180_EX_100MCF7_r3.CEL	c
0806_YH181_EX_100MCF10A_r1.CEL	d
0806_YH182_EX_100MCF10A_r2.CEL	d
0806_YH183_EX_100MCF10A_r3.CEL	d

R中载入库文件:

> library(exonmap)
Loading required package: affy
Loading required package: Biobase

Welcome to Bioconductor

  Vignettes contain introductory material. To view, type
  'openVignette()'. To cite Bioconductor, see
  'citation("Biobase")' and for packages 'citation(pkgname)'.

Loading required package: genefilter
Loading required package: RColorBrewer
Loading required package: RMySQL
Loading required package: DBI
> library("exon.pmcdf")

设置路径并读取文件

> setwd("~/Documents/exonArray/ExonarraysMCF7andMCF10Adata_cel")
> raw.data<-read.exon()
> raw.data@cdfName<-"exon.pmcdf"
> pData(raw.data)
                               sample group
0306_YH148_EX_exMCF7_r1.CEL         1     a
0406_YH156_EX_exMCF7_r2.CEL         2     a
0406_YH157_EX_exMCF7_r3.CEL         3     a
0306_YH149_EX_exMCF10A_r1.CEL       4     b
0406_YH158_EX_exMCF10A_r2.CEL       5     b
0406_YH159_EX_exMCF10A_r3.CEL       6     b
0806_YH178_EX_100MCF7_r1.CEL        7     c
0806_YH179_EX_100MCF7_r2.CEL        8     c
0806_YH180_EX_100MCF7_r3.CEL        9     c
0806_YH181_EX_100MCF10A_r1.CEL     10     d
0806_YH182_EX_100MCF10A_r2.CEL     11     d
0806_YH183_EX_100MCF10A_r3.CEL     12     d

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9 thoughts on “bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程(上)

  1. Pingback: bioconductor系列教程之三–Affymetrix 外显子(exon)分析综合 | 糗世界

  2. Reply s223554 2月 21,2013 3:54 上午

    现在exonmap包不能用了啊,read.exon()有替代吗?

  3. Reply admin 2月 21,2013 6:44 上午

    你可以参考本博的其他教程使用xps,oligo或者aroma,jetta来分析。

  4. Reply wxy 10月 10,2013 5:42 上午

    xmapcore_homo_sapiens_60已下载在本机如何将其添加入mysql服务器。我的系统是win7,mysql也安装在本机上。谢谢。

  5. Reply yylin1984 2月 8,2015 8:12 下午

    您好,当安装”xmapcore”包的时候,提示说不适用于当前版本的R,不知道有没有解决办法?

  6. Reply 7月 24,2015 2:21 上午

    欧老师,又来麻烦您了。这篇博客中的数据下载地址不能打开了,因为我的电脑内存不够,我在按照bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程中(质量控制)步骤操作的时候,
    +- rawData/
    | +- /
    | | +- / <– must match exactly a chip type folder under annotationData/
    | | +- CEL files
    中的cel files可以用什么文件代替呢?

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