bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程(上) 9

安装库文件

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
BioC_mirror = http://www.bioconductor.org
Change using chooseBioCmirror().
>biocLite(c("exonmap","xmapcore","plier"))

安装完这两个库文件之后,复杂的工作来了,需要安装好xmapcore需要用的mysql数据库。在本机或者某服务器上安装好mysql,然后去http://xmap.picr.man.ac.uk/download/index 下载相应的数据库。比如本教程使用的是人的Exon芯片,去下载xmapcore_homo_sapiens_60.tar.gz(1.12GB)至mysql服务器(或者本机)。在mysql服务器上,

mysql -u USERNAME -pPASSWORD
mysql> create database xmapcore_homo_sapiens_60;

然后解压缩下载的数据包,编辑文件

• Windows importdb.bat

• OS X/Linux importdb.sh

我们以importdb.sh为例:

...
# Which server is the database on?
SVR=localhost

# What username should I use to connect?
USR=root

# User password (uncomment the one you require):
# --Ask for password each time
PWD=-p
# --Use this password
PWD=--password=yourpassword
# --No password
# PWD=

# Locations of the mysql and mysqlimport commands (these should work as is if
# your PATH is set correctly)
MYS=/Applications/MAMP/Library/bin/mysql
MYI=/Applications/MAMP/Library/bin/mysqlimport
...

然后在terminal里运行该文件,注意有无报错。

sh importdb.sh

然后在本机$HOME或者用户根目录下新建文件夹:.xmapcore。然后在这个文件夹下创建一个名为databases.txt的文件。文件内容为(tab间隔)

name	host	species	version	port	username	password 
human	localhost	homo_sapiens	60	8889	dbuser	dbpwd 
mouse	anotherserver	mus_musculus	60	4406	user	dbPwd

其中species/version下是你的数据库内database的名字的后缀。比如你的数据表的名字是xmapcore_mus_musculus_60,那你的species下就应该是mus_musculus,而version下就是60。数据表的前缀必须是xmapcore。

接着,下载exon.pmcdf_1.1.tar.gz并安装CDF文件,在terminal下运行:

R CMD INSTALL exon.pmcdf_1.1.tar
** R
** data
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices ...

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9 thoughts on “bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程(上)

  1. Pingback: bioconductor系列教程之三–Affymetrix 外显子(exon)分析综合 | 糗世界

  2. Reply s223554 2月 21,2013 3:54 上午

    现在exonmap包不能用了啊,read.exon()有替代吗?

  3. Reply admin 2月 21,2013 6:44 上午

    你可以参考本博的其他教程使用xps,oligo或者aroma,jetta来分析。

  4. Reply wxy 10月 10,2013 5:42 上午

    xmapcore_homo_sapiens_60已下载在本机如何将其添加入mysql服务器。我的系统是win7,mysql也安装在本机上。谢谢。

  5. Reply yylin1984 2月 8,2015 8:12 下午

    您好,当安装”xmapcore”包的时候,提示说不适用于当前版本的R,不知道有没有解决办法?

  6. Reply 7月 24,2015 2:21 上午

    欧老师,又来麻烦您了。这篇博客中的数据下载地址不能打开了,因为我的电脑内存不够,我在按照bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix 外显子(exon)分析流程中(质量控制)步骤操作的时候,
    +- rawData/
    | +- /
    | | +- / <– must match exactly a chip type folder under annotationData/
    | | +- CEL files
    中的cel files可以用什么文件代替呢?

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