bioconductor troubleshoot 收集(不定期更新)

收集自己遇到的各类错误,以备资料。

exon altersplice analysis使用exonmap和xmapcore过程中,Mac OS X 10.6.5:

Error in mysqlNewConnection(dbDriver(drv), ...) :    RS-DBI driver: (Failed to connect to database: Error: Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock' (2)

错误提示无法正确使用mysql.sock连接MySql服务。解决办法,找到本机mysql.sock的安装目录,在/tmp/目录下创建一个它的链接,打开terminal,

ln -s /Applications/MAMP/tmp/mysql/mysql.sock /tmp/mysql.sock
         ^.................................................................^本机mysql.sock的真实目录。
> genes<-probeset.to.gene(sigs)
Error in .xmap.get.con(as.character(cl[1, 4])) : 
  Not connected to database. Use 'xmapConnect()' first.

其实是exonmap与xmapcore所使用的函数重名,因我调用库的时候后加载的exonmap,而我想使用的是xmapcore当中的该函数,所以出现上面的错误。解决办法,指定函数的命名空间即可:

> genes<-xmapcore::probeset.to.gene(sigs)
Building probeset specificity cache......done
Error in as.matrix(x) : subscript out of bounds

其实该错误就是访问了不存在的索引值。有时候我们并不知道那个索引值不在我们需要索引的rownames当中,于是我们需要一个简洁的能容错的办法:

data_source[rownames(data_source) %in% index_group, ]

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